tag:blogger.com,1999:blog-40027386208148229392024-03-05T06:36:46.679-08:00Photo trappingDiscussão sobre a ciência da foto-armadilhagem Unknownnoreply@blogger.comBlogger210125tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-87287278787358461112019-07-30T00:55:00.002-07:002019-07-30T00:57:09.409-07:00The use of Spatially Explicit Capture-Recapture models for estimating Iberian lynx abundance in a newly reintroduced populationArtigo recentemente publicado na revista <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1616504719300011">Mammalian Biology </a><br />
que resulta do processo de reintrodução de lince ibérico em Portugal e cujo objetivo foi desenvolver uma metodologia que possa ser aplicada anualmente para estimar os efetivos populacionais de lince ibérico no Vale do Guadiana.<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjKY4oMGeN8YTpl07Qi6nTWvMKVDg9Q-JEEajoM8EuJ4yvh8JZ39DzJ2f1DzqMPtMUzGO0r42hcHbLPoLkw_jccENm_J14J8MFY44sv2F3vhH4v7PozVcU2lSoJ-ncUxX33ZutWXfKdcjLw/s1600/TC11F_LP_QNossa+%2528638%2529.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="889" data-original-width="1600" height="177" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjKY4oMGeN8YTpl07Qi6nTWvMKVDg9Q-JEEajoM8EuJ4yvh8JZ39DzJ2f1DzqMPtMUzGO0r42hcHbLPoLkw_jccENm_J14J8MFY44sv2F3vhH4v7PozVcU2lSoJ-ncUxX33ZutWXfKdcjLw/s320/TC11F_LP_QNossa+%2528638%2529.JPG" width="320" /></a></div>
De 2015 a 2018 foram libertados 33 linces no Vale do Guadiana e desde 2016 houve um total de 45 nascimentos. Em 2018, foi aplicada a combinação de uma metodologia de pesquisa de indícios e foto-armadilhagem com o objetivo de determinar a abundância da espécie na área de reintrodução. Os dados de foto-armadilhagem foram analisados através de modelos espacialmente explícitos de captura-recaptura (SECR) com a incorporação de parâmetros específicos para cada sexo. Um esforço total de 7210 dias-câmara levou à obtenção de 218 capturas independentes de linces (excluindo crias), correspondendo à deteção de 22 adultos ou sub-adultos num total de 50 estações (28%).<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgOfSHB_d0pY7FLM_BH_RVs24cSils6w1mSeT1H9hh-ntIrOfZs6o_BNg_oMAoIRWydmndvcWmJZ_1JpcMh0eacwhASWg1c4CW9zhnp3pxaTjWcsz07BAmw-wNa7RTDch_bZ36kG_TAgl0l/s1600/TCALTO_LP_Luso+%25283%2529.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="1200" data-original-width="1600" height="240" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgOfSHB_d0pY7FLM_BH_RVs24cSils6w1mSeT1H9hh-ntIrOfZs6o_BNg_oMAoIRWydmndvcWmJZ_1JpcMh0eacwhASWg1c4CW9zhnp3pxaTjWcsz07BAmw-wNa7RTDch_bZ36kG_TAgl0l/s320/TCALTO_LP_Luso+%25283%2529.JPG" width="320" /></a></div>
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O tamanho populacional estimado foi de 22-27 indivíduos (adultos e sub-adultos) numa área de estudo de 401 km2, o que corresponde a uma densidade de 5.7 linces/100km2. Os linces encontravam-se distribuídos de forma heterogénea ocorrendo em agrupamentos, existindo alguns territórios dispersos entre eles. Verificaram-se diferenças entre machos e fêmeas relativamente ao uso do espaço, com os machos a efetuarem movimentos maiores. Para além da estimativa de 22-27 linces com mais de 1 ano foram também detetadas 27 crias. As análise foram executadas através do <a href="https://cran.r-project.org/web/packages/secr/secr.pdf">pacote secr</a> do software R.<br />
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgfE1UcUSAMdhyphenhyphenFxceTBSHlps76pmPSxJt6YFFTtZw0eZyeNCzxqh1V7TBeKCmA9ivr6AkbjzK8hYDX1wUcUhGRIHVwQ3K2FaCneiDqEUAZoAo8vwy0tXe-Tsnp5NbCZUSrNnDqgXA0qT4Y/s1600/Untitled.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="577" data-original-width="744" height="310" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgfE1UcUSAMdhyphenhyphenFxceTBSHlps76pmPSxJt6YFFTtZw0eZyeNCzxqh1V7TBeKCmA9ivr6AkbjzK8hYDX1wUcUhGRIHVwQ3K2FaCneiDqEUAZoAo8vwy0tXe-Tsnp5NbCZUSrNnDqgXA0qT4Y/s400/Untitled.jpg" width="400" /></a></div>
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<br />Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-85382319250078682018-03-16T02:14:00.001-07:002018-03-16T02:14:37.785-07:00Instant detect - Uma ferramenta para monitorizar fauna selvagem<a href="https://www.socialtech.org.uk/projects/instant-detect/">Instant Detect</a> é um sistema de monitorização de vida selvagem e de potenciais ameaças que foi desenhado para ser utilizado em todo o tipo de ambientes, incluindo locais extremos e remotos. Trata-se em combinação sensores de baixa potência, câmaras fotográficas e sensores acústicos, cujos dados são enviados em tempo real, através de tecnologia de satélite, para um software específico. Isto permite recolher dados a partir de locais quase inacessíveis sem a necessidade de deslocações periódicas para recolher cartões de memória. O projecto foi desenvolvido pela <a href="https://www.socialtech.org.uk/projects/instant-detect/">London Zoological Society </a>e conta com as seguintes características:<br />
<ul>
<li>Sensores conectados a satélites e câmaras que enviam imagens e alertas em tempo real;</li>
<li>Tempo de satélites a baixo preço através da plataforma <a href="https://www.iridium.com/">Iridium</a>;</li>
<li>Um sistema de camuflagem para tornar mais difícil roubo e vandalismo</li>
<li>Um design bastante robusto que faz com que o equipamento aguente em condições extremas;</li>
<li>Uma grande autonomia de baterias;</li>
<li>A possibilidade de programar à distância.</li>
</ul>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhQn50lnOL9SS8ppxkRIRFjLnrsCpshn8504VzMMGMoKVdxpsZEFLdakhzU_54Cykw4YdLlAhM34COqVMktBHemO8-WJBoxsA5_LbFUkKTm5ot_k3hBktsqsytvxSN0rMmYD4dmN9tKP_8Z/s1600/1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="614" data-original-width="1202" height="163" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhQn50lnOL9SS8ppxkRIRFjLnrsCpshn8504VzMMGMoKVdxpsZEFLdakhzU_54Cykw4YdLlAhM34COqVMktBHemO8-WJBoxsA5_LbFUkKTm5ot_k3hBktsqsytvxSN0rMmYD4dmN9tKP_8Z/s320/1.jpg" width="320" /></a></div>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgPx_JyBKnmOU9HeoKGRG6XRxhkLNb480S24cmn1T8MI2hlDilodwzYfmwJPhijhfXft0sEYPfZ84dzzbloHSiDNbgfjPWFVXEcp3qnGclM9SAl-z_MsSCnjlFEQrT2u-EYGHgVy5SFkIAP/s1600/2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="652" data-original-width="1008" height="206" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgPx_JyBKnmOU9HeoKGRG6XRxhkLNb480S24cmn1T8MI2hlDilodwzYfmwJPhijhfXft0sEYPfZ84dzzbloHSiDNbgfjPWFVXEcp3qnGclM9SAl-z_MsSCnjlFEQrT2u-EYGHgVy5SFkIAP/s320/2.jpg" width="320" /></a></div>
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Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-22267084107002755752017-09-15T10:39:00.002-07:002017-09-15T10:39:35.580-07:00Key Frontiers in Camera TrappingFoi recentemente publicado um número especial da revista <a href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/rse2.2017.3.issue-3/issuetoc?campaign=woletoc">Remote Sensing in Ecology and Conservation </a>dedicado às novas fronteiras da armadilhagem fotográfica. Os temas cobertos são bastante interessantes indo desde estudos comportamentais, partilha de nichos e utilização temporal, armazenamento de dados e estudos de ocupação.<div>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgCs-ltV-vZSXjr57EP7K1vEVJ1d4soEoT0sfmXonp1WTvwMV3j_j_EpNsGRy0k6uQN2dg4l4eK_lDiQCjh93WQsZtvvw8CoNYudY4WZqcfpvQVd_ooegH7g2-ecELVScRBCDLSlRlIZy6-/s1600/criaslag+%25282%2529.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" data-original-height="609" data-original-width="1079" height="360" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgCs-ltV-vZSXjr57EP7K1vEVJ1d4soEoT0sfmXonp1WTvwMV3j_j_EpNsGRy0k6uQN2dg4l4eK_lDiQCjh93WQsZtvvw8CoNYudY4WZqcfpvQVd_ooegH7g2-ecELVScRBCDLSlRlIZy6-/s640/criaslag+%25282%2529.jpg" width="640" /></a></div>
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<span style="font-size: xx-small;">Linces ibéricos nascidos em Mértola (ICNF/Pedro Sarmento)</span></div>
Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-34126741778182654962017-01-25T07:12:00.004-08:002017-01-26T03:06:32.693-08:00Utilização do pacote rhr para análise de domínios vitais (parte 3) <span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Seguindo o <a href="http://phototrapping.blogspot.pt/2017/01/utilizacao-do-pacote-rhr-para-analise.html">post anterior</a> iremos continuar a explorar o pacote hrh para efectuarmos algumas análises de domínios vitais.</span><br />
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Seguindo a opção "Configure" teremos um menu que nos apresenta várias opções. A janela "Ouput" vai-nos permitir definir o directório de armazenamento das análises, o que pode ser bastante importante dado que será aí que os ficheiros em formato shape.file irão ficar localizados.</span><br />
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
</span><br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEin5ohc9G08cGaSbtujeAnOYsOyuYbQ7v4-cbDQFTVPfZq0FLlJzEvCMUKXQZoR_JJ8NHPPJuH_gWzmWwzBxLXM5vEiohk_-HY7uM-1sPjN86xwkSUhRQP8Zt4eHJYr8-paKjOX9D4Cb1Wn/s1600/1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img border="0" height="199" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEin5ohc9G08cGaSbtujeAnOYsOyuYbQ7v4-cbDQFTVPfZq0FLlJzEvCMUKXQZoR_JJ8NHPPJuH_gWzmWwzBxLXM5vEiohk_-HY7uM-1sPjN86xwkSUhRQP8Zt4eHJYr8-paKjOX9D4Cb1Wn/s320/1.jpg" width="320" /></span></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">A opção seguinte serve para definir as unidades com que iremos lidar e o mais comum será escolher metros e metros quadrados.</span></div>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi1LcCNdrRFw4fh7GcQkIJqBNVs7sUqxuavAOdcxcNPoMDGvsjCsR4AUCObG1uzq2g7q-Gz5ZFSshrC2kDauKORwb-rCQm061m944uFfiHBQJxGwiMWHtInIfnSYnVRpSwrLwl21nXySbJK/s1600/2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img border="0" height="195" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi1LcCNdrRFw4fh7GcQkIJqBNVs7sUqxuavAOdcxcNPoMDGvsjCsR4AUCObG1uzq2g7q-Gz5ZFSshrC2kDauKORwb-rCQm061m944uFfiHBQJxGwiMWHtInIfnSYnVRpSwrLwl21nXySbJK/s320/2.jpg" width="320" /></span></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">A opção "Output grid" é importante para cálculos de domínios vitais que utilizem o método de kernel onde normalmente temos que definir o factor de suavização. Informação detalhada sobre a utilização desta função pode ser encontrada em <a href="https://www.d.umn.edu/biology/documents/Joyce1.pdf">Powell (2012)</a>. Neste caso iremos utilizar a opção de 1300 metros que nos é dada por defeito. Ou seja, as estimativas de domínios vitais não irão ser projectadas para fora dessa área.</span></div>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
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<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEheQ9UhJ8m-NDkNFtO2QgQ15QUVpPaPjc9TrDziFliAs-eor1vf8KEFbwdoGgFzdPNWao4-v1vTMLGzJjBER1dUuIrbyMupOdfbvF11SAx34LUW9JDEB5hZcizk4QcjoTEv3BqTKSHAbL7v/s1600/3.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEheQ9UhJ8m-NDkNFtO2QgQ15QUVpPaPjc9TrDziFliAs-eor1vf8KEFbwdoGgFzdPNWao4-v1vTMLGzJjBER1dUuIrbyMupOdfbvF11SAx34LUW9JDEB5hZcizk4QcjoTEv3BqTKSHAbL7v/s400/3.jpg" width="400" /></span></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Na opção seguinte iremos definir os níveis que queremos utilizar para a análise de domínio vital, neste caso iremos usar a 95 e a 50%.</span></div>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
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<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjUU16qkBNsXm8uhNSg2I4pLUn-GWdQWJ5Q25OffvN7x5xpOzcLZU-GwxKyydjeI428-dVO4U8UfUAeZCq4wrL4cIofLhcyh9k5I1wRPbESbnKJWrR3CzIDuLGfylXHj87P2iU0fP9ZJr5e/s1600/4.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="273" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjUU16qkBNsXm8uhNSg2I4pLUn-GWdQWJ5Q25OffvN7x5xpOzcLZU-GwxKyydjeI428-dVO4U8UfUAeZCq4wrL4cIofLhcyh9k5I1wRPbESbnKJWrR3CzIDuLGfylXHj87P2iU0fP9ZJr5e/s640/4.jpg" width="640" /></a></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Ainda no menu "Configure" podemos alterar as definições das análises exploratórias relativamente à fidelidade ao local (site fidelity) e ao tempo necessário para se atingir a independência estatística entre localizações (Time to statistical independence).</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgDnDZiwdTzuwqynNziFHi4DpfbyQDJzL9eNzelPBkxJu1Zl8JwvE_YBVXpdnnSD6ARpAt0upptEK2mkBJj4xSkYymzrZndgIxS0Ki0b8ELv7XBoA1pQCgd9eXringaacFJ0CAPhIAfRX3Q/s1600/11.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img border="0" height="210" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgDnDZiwdTzuwqynNziFHi4DpfbyQDJzL9eNzelPBkxJu1Zl8JwvE_YBVXpdnnSD6ARpAt0upptEK2mkBJj4xSkYymzrZndgIxS0Ki0b8ELv7XBoA1pQCgd9eXringaacFJ0CAPhIAfRX3Q/s400/11.jpg" width="400" /></span></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Antes de se proceder a qualquer estimativa de domínio vital é fundamental inferir sobre os dois primeiros parâmetros (<a href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.2193/2005-589/abstract">Laver & Kelly 2008</a>). Caso não exista fidelidade ao local a análise de kernel não poderá ser utilizada e outros métodos deverão ser equacionados tais como Brownian Bridges. A fidelidade ao local é calculada usando-se duas métricas: 1) a média das distâncias quadradas ao centro de actividade (MSD), que mede a dispersão de utilização à volta do centróide do domínio vital e 2) o índice de linearidade (LI) que quantifica a distância linear entre o ponto inicial e final de um caminho seguido por um animal a dividir pelo total da distância percorrida (ver <a href="https://www.jstor.org/stable/1937590?seq=1#page_scan_tab_contents">Spencer et al. 1990</a>). As duas métricas são avaliadas para períodos diários e multi-diários, sendo posteriormente calculadas as médias e erros padrões usando 100 caminhos gerados aleatoriamente (ver figura acima). Considera-se que existe fidelidade ao local quando os valores de MSD e LI são significativamente mais baixos (a 95%) do que os valores médios obtidos através dos caminhos gerados aleatoriamente.</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><span lang="EN-US" style="line-height: 32px;">O tempo necessário para a independência estatística (TTSI) é calculado através do método de </span><span style="font-size: 12pt;"> <a href="http://web.ics.purdue.edu/~rswihart/pdf/97JABES%20independence.pdf">Swihart& Slade (1985)</a> que define o intervalo de tempo crítico após o qual duas localizações consecutivas são estatisticamente independentes. Para se determinar o TTSI é utilizado o index de </span><span style="font-size: 12pt;">Schoener V.</span></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;">Este menu dá-nos 3 opções:</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;">1. <i>Initial time difference.</i> O primeiro intervalo em segundos. Implica que iremos considerar que este é o tempo mínimo para o qual 2 localizações são independentes (é considerado por defeito um intervalo de 10 horas). </span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;">2. <i>Sampling regime</i>. Se as localizações foram obtidas de forma aleatória em termos temporais ou se há um regime fixo de localizações (p.e. 12-12 horas);</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;">3. Number of times above critical value: Com que frequência o teste estatístico tem que ser superior ao valor crítico.</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhj2T8TdyOgGoPwFmaeMWOMZqmZci6u96178BRvQSItjmileg9LxINHP3EXC-tZv1uJy-GArKU7L8svGqCVmdxBOJf4R7mkYPo-ZQ6anw6NWlK-izJ32F_AdYQ3JA5q2b0umgvsKv2aJEue/s1600/12.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img border="0" height="163" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhj2T8TdyOgGoPwFmaeMWOMZqmZci6u96178BRvQSItjmileg9LxINHP3EXC-tZv1uJy-GArKU7L8svGqCVmdxBOJf4R7mkYPo-ZQ6anw6NWlK-izJ32F_AdYQ3JA5q2b0umgvsKv2aJEue/s400/12.jpg" width="400" /></span></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;">Os resultados obtidos com este teste são os seguintes: </span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;">1. Na parte superior do painel é exibido o valor do teste estatístico;</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;">2. Na parte inferior de pares de relocalizações utilizado (localizações consecutivas).</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;">Os gráficos exibidos mostram uma linha sólida preta que corresponde ao valor do teste estatístico e uma linha cinza é o valor crítico que se tem que atingir para obter independência temporal.</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;">Abaixo temos 2 gráficos onde, no primeiro caso, a independência temporal não é atingida e um segundo caso onde a independência temporal é atingida</span></div>
<div class="section level1" id="calculation">
<div class="section level2" id="command-line">
</div>
</div>
<div class="separator" style="clear: both;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: 12pt;">
</span></div>
<div class="section level1" id="interpretation">
<h1>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif; font-size: small;"><img alt="" src="https://jmsigner.github.io/rhrman/methodsTTSI_files/figure-html/unnamed-chunk-1-1.png" title="" width="672" /></span></h1>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img alt="" src="https://jmsigner.github.io/rhrman/methodsTTSI_files/figure-html/unnamed-chunk-2-1.png" title="" width="672" /></span><br />
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Teremos depois um menu onde iremos definir a estimativa que queremos usar, neste caso o método de kernel e o tipo de validação de banda (ver <a href="https://www.d.umn.edu/biology/documents/Joyce1.pdf">Powell 2012)</a>.</span><br />
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi0bp2FwaYNStZib-gV_MBBpLFiaN8gxcIofkmmF1PUUj2HNhc_u6KEI2_GhW0MDC3xNClqhwjTN1xShdN3bBYpJV7xyEhIjBnwjLuO1x9G9M4Q7X6WqvcfYJqp9u6GcwjPRZlOXU9MEWsr/s1600/13.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img border="0" height="155" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi0bp2FwaYNStZib-gV_MBBpLFiaN8gxcIofkmmF1PUUj2HNhc_u6KEI2_GhW0MDC3xNClqhwjTN1xShdN3bBYpJV7xyEhIjBnwjLuO1x9G9M4Q7X6WqvcfYJqp9u6GcwjPRZlOXU9MEWsr/s320/13.jpg" width="320" /></span></a></div>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Seguindo para o menu "Run Analysis" iremos proceder a 3 passos:1) a determinação de fidelidade ao local (site fidelity), 2) o tempo necessário para se atingir a independência estatística entre localização (Time to statistical independence) e 3) a estimativa kernel para o domínio vital.</span></div>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiqZK_YMJGYRj885UnbA0YMsC3_3_twZZ51eaUbU3rYjGAfMjzGV9U8Yom1W4Z10nOyUouU-u511kH_BYlRinmQ9hjVyQCvQAwZ_YLuoZfXHMrR0yS3foiknLNePmdcNt6snRTp4LIZ_YAL/s1600/5.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiqZK_YMJGYRj885UnbA0YMsC3_3_twZZ51eaUbU3rYjGAfMjzGV9U8Yom1W4Z10nOyUouU-u511kH_BYlRinmQ9hjVyQCvQAwZ_YLuoZfXHMrR0yS3foiknLNePmdcNt6snRTp4LIZ_YAL/s320/5.jpg" width="284" /></span></a></div>
<div class="MsoCommentText" style="line-height: 200%;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span></div>
<div class="MsoCommentText" style="line-height: 200%;">
<span style="font-size: 12pt;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Após clicarmos no botão "Analyse" iremos obter os seguintes resultados:</span></span></div>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg7kn6tPqneWk6anUT7GeCqUEk36LfPppBK2kFC81MEFIJrLAr4VheANqryxuxknAEO_alx3b5CCH7QAr0Yr22WcQzYqOcLsDHspNjeamKQSyZmcenc_uuS2-gHLenEkZj1gEBBaIUbjanI/s1600/6.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img border="0" height="356" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg7kn6tPqneWk6anUT7GeCqUEk36LfPppBK2kFC81MEFIJrLAr4VheANqryxuxknAEO_alx3b5CCH7QAr0Yr22WcQzYqOcLsDHspNjeamKQSyZmcenc_uuS2-gHLenEkZj1gEBBaIUbjanI/s640/6.jpg" width="640" /></span></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Começamos por ter uma tabela com o resumo dos dados. Neste caso temos o nome do exemplar, o número de localizações, a data e hora da primeira localização e a data e hora da última localização. Termos também um mapa com os movimentos efectuados.</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br />Seguem-se os resultados dos testes para a fidelidade ao local. Sendo que o 1º gráfico corresponde ao MSD e o 2º ao LI. Para que se verifique fidelidade ao local a barra vermelha terá que ficar abaixo do intervalo entre os tracejados e como se pode ver para o 2º teste não se verifica fidelidade ao local, pelo que não seria aconselhável a utilização do método de kernel.</span></div>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgRx7FS0vwTQ0D09sxMV2SEgP6DMjiuI4xbPG6Hr7VtoGZEtZpQpOZSjsEqxp3RpDB0UR-Byg8eRvyYVEuyKfV9dHmJImrd-_W-i43OTpXiBYMamP7_BQgtwmv3RWBshkeAodvL69CBBgal/s1600/7.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img border="0" height="534" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgRx7FS0vwTQ0D09sxMV2SEgP6DMjiuI4xbPG6Hr7VtoGZEtZpQpOZSjsEqxp3RpDB0UR-Byg8eRvyYVEuyKfV9dHmJImrd-_W-i43OTpXiBYMamP7_BQgtwmv3RWBshkeAodvL69CBBgal/s640/7.jpg" width="640" /></span></a></div>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Segue-se o tempo para obtenção de independência estatística que foi estimado em 54000 segundos o que pode ser traduzido em 15 horas. Ou seja, localizações consecutivas que tenham um intervalo inferior a 15 horas deverão ser eliminadas.</span><br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiodCuDvazbuSXBBc4R_At0grkaUeEF3MlzBqZ3vG1o2PXCozSQYbkUp5fDbyKdqVHxq4aSY9JS5DLgZBKrYGtVZrQhkwESW0Zb6sv99wPIURcP5gYE2MsHxyA2bLA4i0jZTY6FWTofcO0e/s1600/8.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"></span></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi-1khzFmahcKJhXPyW2aZhF3IjxP6Z7R2H27eFhaM9iJ2XST16iuYouaJ7DfJ1jEDuW8aDpBMaa1j-MkdD4q30t_0vNoIMEB1L0xE1i1A-OyL52ConDf6lLZ__ba2xKaOoQCu93FdG625E/s1600/14.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="544" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi-1khzFmahcKJhXPyW2aZhF3IjxP6Z7R2H27eFhaM9iJ2XST16iuYouaJ7DfJ1jEDuW8aDpBMaa1j-MkdD4q30t_0vNoIMEB1L0xE1i1A-OyL52ConDf6lLZ__ba2xKaOoQCu93FdG625E/s640/14.jpg" width="640" /></a></div>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Finalmente teremos os resultados para a estimativa de kernel com uma descrição dos parâmetros utilizados, as respectivas áreas e um mapa com as curvas.</span><br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgaQY3jm7K3uwWLAbRWj6dPvHyGXrD02cnlBEwyiIFH0QChUnFZmSjap-zP445usbCrx4x-zVcYycyTYj3DTP0-r0Qe-JCl6TCwMLL02Jzu453TCESwdAJKHvv5LPkC-75YRzgLUo673WBA/s1600/9.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><img border="0" height="580" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgaQY3jm7K3uwWLAbRWj6dPvHyGXrD02cnlBEwyiIFH0QChUnFZmSjap-zP445usbCrx4x-zVcYycyTYj3DTP0-r0Qe-JCl6TCwMLL02Jzu453TCESwdAJKHvv5LPkC-75YRzgLUo673WBA/s640/9.jpg" width="640" /></span></a></div>
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;"><br /></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="font-family: "trebuchet ms" , sans-serif;">Para termos acesso às estimativas em formato shape.file termos que ir ao directório definido, neste caso no pacote rhr dentro da livraria R.</span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj8TGwwdmsXh-cbEAfkzVKkNMXGYcaqePlbKVg6r-dYzUA8xVUXCns7KU3_jz0Cz8AkfkytkQrYBK1fWsb68lSpXH3AJbj6vHmtip6VOOBhOrxzoTFqHQ_cSQCyeKqgX46so7KzZPX6AzaY/s1600/10.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="151" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj8TGwwdmsXh-cbEAfkzVKkNMXGYcaqePlbKVg6r-dYzUA8xVUXCns7KU3_jz0Cz8AkfkytkQrYBK1fWsb68lSpXH3AJbj6vHmtip6VOOBhOrxzoTFqHQ_cSQCyeKqgX46so7KzZPX6AzaY/s320/10.jpg" width="320" /></a></div>
Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-43868186373540637662017-01-23T05:21:00.000-08:002017-01-23T05:21:04.972-08:00Utilização do pacote rhr para análise de domínios vitais (parte 2)No <a href="http://Neste%20e%20em%20pr%C3%B3ximos%20post%20irei%20explorar%20o%20pacote%20rhr%20(reproductible%20home%20range%20analisis%20with%20r)%20para%20an%C3%A1lise%20de%20dom%C3%ADnios%20vitais./">post anterior </a> tínhamos começado a trabalhas com o pacote rhr que é uma ferramenta de análise de dados de domínios vitais. Começámos por ver como se importa e formata os dados para efectuar a análise usando as funções "Load data" e "Map and project data" do menu principal. Agora iremos passar para a sub-divisão dos dados e para as configurações.<br />
<br />
O menu "Subset data" permite seleccionar ou excluir localizações. Isto pode ser feito de forma espacial, através da manipulação dos comandos da direita (x e y) ou de uma forma temporal, através de uma selecção do intervalo temporal que vamos analisar.<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg9yLiT2QvX1BDnxmaljvpeaLFnWrK1OtB8z-t8oaksg_6tJuflY-Rwn0QkTLEVNITlf6HlGVUXR_8MEcRcTPdKOG2Jphi2KRH6KtV4_DuYJkdxklTusJX0WIazo38Jtba2PhWhAvspV_7b/s1600/5.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="312" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg9yLiT2QvX1BDnxmaljvpeaLFnWrK1OtB8z-t8oaksg_6tJuflY-Rwn0QkTLEVNITlf6HlGVUXR_8MEcRcTPdKOG2Jphi2KRH6KtV4_DuYJkdxklTusJX0WIazo38Jtba2PhWhAvspV_7b/s640/5.jpg" width="640" /></a></div>
Assim se deslocarmos os pontos na caixa "Subset settings" vamos ficar apenas com o quadrante nordeste das localizações. Também podíamos ter modificado as caixas "Data range" e modificado o período de análise. Assim, se anteriormente tínhamos 135 localizações, agora iremos passar para apenas 29.<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgQNdxjxnFd6Hl7x11Kk5PbDa_cx3K5o3JZgJyFTjI7tcFnE_3JLym8A7RkzJjUGEkUYf7Gj8Tt1DJ3sWm1JGPbaeaWXwqPTQg40uJz5MZh5glfXDWvVEtubQ1MVw7cAYmemeoptOHfYFT_/s1600/6.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="296" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgQNdxjxnFd6Hl7x11Kk5PbDa_cx3K5o3JZgJyFTjI7tcFnE_3JLym8A7RkzJjUGEkUYf7Gj8Tt1DJ3sWm1JGPbaeaWXwqPTQg40uJz5MZh5glfXDWvVEtubQ1MVw7cAYmemeoptOHfYFT_/s640/6.jpg" width="640" /></a></div>
<br />
A opção "Configure" apresenta várias alternativas: geral, análise exploratória, domínios vitais e propriedades dos domínios vitais.<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg3FgkVj2Bu8f7kG6Csxf_Rvm9jv-vlciQcYv06kTm53uStQFoWf_nUJjKoNaz5DvwHuLdtqGSQYt6Nff5VYbeuweQc9CQTMg6azdj7tvPmlBi5Jl0VFRueAERLcmB3yHyVf4HHSQNRP44j/s1600/7.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="221" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEg3FgkVj2Bu8f7kG6Csxf_Rvm9jv-vlciQcYv06kTm53uStQFoWf_nUJjKoNaz5DvwHuLdtqGSQYt6Nff5VYbeuweQc9CQTMg6azdj7tvPmlBi5Jl0VFRueAERLcmB3yHyVf4HHSQNRP44j/s320/7.jpg" width="320" /></a></div>
Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-9608794949210809612016-10-17T06:20:00.002-07:002016-10-17T06:21:16.759-07:00Utilização do pacote rhr para análise de domínios vitaisNeste e em próximos post irei explorar o pacote rhr (<a href="http://jmsigner.github.io/rhrman/">reproductible home range analisis with r</a>) para análise de domínios vitais. Este <span style="background-color: white; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;">pacote estende a linguagem de programação estatística R fornecendo funcionalidade para explorar e analisar dados provenientes de estudos de telemetria. Esses dados são normalmente obtidos através do seguimento de animais com dispositivos </span><span style="background-color: white; color: #212121; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;">de telemetria </span><span style="background-color: white; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;">de GPS (Sistema de Posicionamento Geográfico) ou VHF (Very High Frequency) . Após a recolha dos dados um conjunto de análises de domínios vitais são frequentemente utilizadas para analisar esses dados e inferir sobre o uso do espaço</span><span style="background-color: white; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;">. </span><br />
<span style="background-color: white; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;"><br /></span>
<span style="background-color: white; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;">O pacote é baseado num artigo de revisão escrito por </span><span style="background-color: white; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;"> <a href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.2193/2005-589/abstract">Laver e Kelly (2008)</a>. Uma das conclusões desta revisão foi que durante a a análise frequentemente não são efectuados passos analíticos importantes e muitas vezes não são descritos todos os resultados e valores dos parâmetros utilizados de forma adequada. Sendo assim, o objectivo do pacote é utilizar essa crítica e </span><span style="background-color: white; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;">implementar as sugestões de Laver e Kelly tão perto quanto possível. </span><br />
<span style="background-color: white; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;"><br /></span>
<span style="background-color: white; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;">O pacote funciona como uma plataforma autónoma que é aberta com o código </span><br />
<span style="background-color: white; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px; white-space: pre-wrap;"><br /></span>
<span style="background-color: white; white-space: pre-wrap;"><span style="color: #212121;">rhrGUI()</span></span><br />
<span style="background-color: white; white-space: pre-wrap;"><span style="color: #212121;"><br /></span></span>
<span style="background-color: white; white-space: pre-wrap;"><span style="color: #212121;">Na primeira janela do menu principal vamos introduzir os dados que previamente tinham sido construídos num ficheiro txt de onde consta a data (em formato dmy), a hora, a coordenada x, a coordenada y e o nome do animal. Neste menu iremos definir como as colunas se encontram separadas (Field separator), os pontos decimais (decimal separator) e o ficheiro de origem que poderá ser pré-visualizado à direita.</span></span><br />
<span style="background-color: white; white-space: pre-wrap;"><span style="color: #212121;"><br /></span></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgPD1VU_caKeu5469_0h1-ISY2wgnxHBlm0iLqgKucWm8j-a_98iAITrta8iQCf56kdQcBnh38yCiEye7c0dF2fcgcyDLeim3H7RmHCZ_xhk_38KzxJksj1KR9jarla-ZcdygiTV64a1Av7/s1600/2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="356" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgPD1VU_caKeu5469_0h1-ISY2wgnxHBlm0iLqgKucWm8j-a_98iAITrta8iQCf56kdQcBnh38yCiEye7c0dF2fcgcyDLeim3H7RmHCZ_xhk_38KzxJksj1KR9jarla-ZcdygiTV64a1Av7/s640/2.jpg" width="640" /></a></div>
<span style="background-color: white; white-space: pre-wrap;"><span style="color: #212121;"><br /></span></span>
<span style="background-color: white; white-space: pre-wrap;"><span style="color: #212121;">A segunda janela (Map and Project Data) serve para se definir as colunas. Sendo assim, o 1º campo diz respeito à identificação do animal, o 2º e o 3º às coordenadas e o 4º e 5º à data e hora. Posteriormente é também necessário introduzir o formato da data e hora.</span></span><br />
<span style="background-color: white; white-space: pre-wrap;"><span style="color: #212121;"><br /></span></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiVRsTAtCFkZHa9vs_FdYQF-F2BQ7QHm0GK1yoqZ2PVR2ess8lLgNdh6UChlWG8GIwyIJ6TbEQKKDxOJe9K3UmAJoHtsLGyintmXCgXpQVp0pKjETOe4ReV7wT_fHDT1rgcLkpGz5_w-e41/s1600/3.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="320" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiVRsTAtCFkZHa9vs_FdYQF-F2BQ7QHm0GK1yoqZ2PVR2ess8lLgNdh6UChlWG8GIwyIJ6TbEQKKDxOJe9K3UmAJoHtsLGyintmXCgXpQVp0pKjETOe4ReV7wT_fHDT1rgcLkpGz5_w-e41/s640/3.jpg" width="640" /></a></div>
<br />
Após a definição destes parâmetros irá aparecer do lado direito um mapa com os movimentos efectuados pelo animal<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEizo51nCEX039xcZwBmKygq1Evt_WAYi5rGaD40F2P-_V6b6-nd1nPzbM5-yV7IHtjuFmD1LuqKoTs0fGMhwPFjYeYAdgbnh40Mev8ZhihQ3DtydoXQe4HxTu-hGTAJBxkQmhBY95Pm_50H/s1600/4.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="302" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEizo51nCEX039xcZwBmKygq1Evt_WAYi5rGaD40F2P-_V6b6-nd1nPzbM5-yV7IHtjuFmD1LuqKoTs0fGMhwPFjYeYAdgbnh40Mev8ZhihQ3DtydoXQe4HxTu-hGTAJBxkQmhBY95Pm_50H/s640/4.jpg" width="640" /></a></div>
<pre class="tw-data-text tw-ta tw-text-small" data-fulltext="" data-placeholder="Tradução" dir="ltr" id="tw-target-text" style="background-color: white; border: none; color: #212121; font-family: inherit; font-size: 16px !important; height: 1704px; line-height: 24px !important; overflow: hidden; padding: 0px 0.14em 0px 0px; position: relative; resize: none; unicode-bidi: isolate; white-space: pre-wrap; width: 281.5px; word-wrap: break-word;"><span lang="pt">
</span></pre>
Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-15005100255400271342016-09-20T05:12:00.000-07:002016-09-20T05:12:36.648-07:00JavaliUm pequeno vídeo de um grande javali captado durante a campanha de foto-armadilhagem na área de reintrodução de lince ibérico<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<iframe allowfullscreen='allowfullscreen' webkitallowfullscreen='webkitallowfullscreen' mozallowfullscreen='mozallowfullscreen' width='320' height='266' src='https://www.blogger.com/video.g?token=AD6v5dw3Cj0yMpUZallDiopmWy8uSLIzwR5DLpIOe-9-Bqgd_iJ9-kQtNfZc4p9OpOdYIrj0DH4LkrZ5ecrYDovWgA' class='b-hbp-video b-uploaded' frameborder='0'></iframe></div>
<br />Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-85058653040319432272016-05-22T04:28:00.002-07:002016-05-22T04:28:38.630-07:00Crias de lagunillaLagunilla, uma fêmea de lince ibérico com 2 anos e proveniente do Centro de Reprodução de
Zarza da Granadilla em Espanha, foi libertada a 11 de maio de 2015 na Herdade das Romeiras
no âmbito do Projeto “Recuperação da Distribuição Histórica do Lince Ibérico (Lynx pardinus)
em Espanha e Portugal (LIFE+10/NAT/ES/000570 - Iberlince).<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhgs0VUxZ-YvG89h0PI6KjRV9jaiUZlNTJwKbB-KudaanQhsTAXCl5ox9TVjHTjYSK7m3YfC7VLUhOTt1n-0VwRXBPXRvnblq5hRsL-hwawMFwdT2UydSmrAlqYzNJtw9-nb_oWsW6kqvdo/s1600/lagunilla+%25281%2529.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="240" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhgs0VUxZ-YvG89h0PI6KjRV9jaiUZlNTJwKbB-KudaanQhsTAXCl5ox9TVjHTjYSK7m3YfC7VLUhOTt1n-0VwRXBPXRvnblq5hRsL-hwawMFwdT2UydSmrAlqYzNJtw9-nb_oWsW6kqvdo/s320/lagunilla+%25281%2529.JPG" width="320" /></a></div>
<br />
<br />
Os seus primeiros movimentos
foram para oeste poucos dias depois, percorrendo cerca de 15 km em campo aberto e fixando-se
a poucos metros da estrada nacional (N123) Castro Verde-Mértola. Como esta situação
constituía um grande risco de atropelamento, os técnicos do ICNF intervieram para retirar o
lince do local conseguindo que a fêmea tenha voltado para a zona do núcleo original e
acabado por estabelecer o seu território junto aos restantes linces.
Já em 2016, a monitorização contínua dos animais por foto-armadilhagem indicou que esta
fêmea tinha entrado em cio, sendo frequentemente detetada com o macho Luso.<br />
<br />
<br />
<br />
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjaD4gE_N3s0mExQUJuPkl6oVhxYq8lz5W7qvbE2gd6lb19NXcfyWqzG6MNuS4UGFOyJbO5e17RakOCljtURgv0jhL4OQFjdgnRt6Ps_y0-8kpWWKO39kq3LxSe-CasspyHLbVw7tMFbN2U/s1600/lagunilla+%25284%2529.JPG" imageanchor="1" style="clear: left; float: left; margin-bottom: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="240" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjaD4gE_N3s0mExQUJuPkl6oVhxYq8lz5W7qvbE2gd6lb19NXcfyWqzG6MNuS4UGFOyJbO5e17RakOCljtURgv0jhL4OQFjdgnRt6Ps_y0-8kpWWKO39kq3LxSe-CasspyHLbVw7tMFbN2U/s320/lagunilla+%25284%2529.JPG" width="320" /></a>A gestação
acabou por ser confirmada, através de vários vídeos, onde era notório o aumento da dimensão
do seu abdómen. O parto terá ocorrido entre 2 e 8 de março deste ano e a 12 de maio conseguimos observar e fotografar duas crias que terão cerca de 2 meses e 3 depois foi possível confirmar a existência de uma terceira cria. O território de Lagunilla possui uma densidade de
coelho bravo muito alta, condição importante para a estabilização das fêmeas de lince. Neste
caso existem também inúmeras oliveiras centenárias que podem ser usadas como tocas e
onde as crias permanecem durante o período de amamentação.<br />
<br />
O vídeo das crias pode ser visto <a href="https://www.youtube.com/watch?v=d8iKZfUN5j8&feature=youtu.be">aqui</a>.<br />
<br />
<br />
<br />Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-43956616145197830222016-05-15T02:15:00.000-07:002016-05-22T04:28:54.762-07:00Pacote overlap- ritmos de actividade diáriaEm post anteriores foi efectuada uma descrição exaustiva do método desenvolvido por <a href="http://phototrapping.blogspot.pt/2011/11/ritmos-de-actividade-diaria-tutorial.html">Ridout e Linkie</a> (2009) para o estudo de ritmos de actividade diária e sua sobreposição entre espécies. O desenvolvimento do <a href="https://cran.r-project.org/web/packages/overlap/overlap.pdf">pacote overlap</a> do software R veio abrir novas possibilidades para estes tipos de análises particularmente no que diz respeito à simplificação dos métodos e a gráficos com melhor qualidade. Desenvolvido por Mike Meredith e Martin Ridout, este software fornece um conjunto de funções para análise de padrões de actividade, estimativas de coeficientes de sobreposição de actividade entre espécies usando estimadores de kernel e calcula intervalos de cofiança para os mesmos através de bootstraps.<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEieob1IV6asoIMKZfKdNhVxS5VsVtgDFtsMbA4Vc5_qcQ4PzswfvlBpVyDPmGKRB8I-MFAHIrnylOFgzHuGWcJMrRKWK3i_vgZDL1chVJLFXm5S1aV8Uw6_OGhjF09t4F2ZQI-OUq-y5Mrf/s1600/DSC_0051.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="214" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEieob1IV6asoIMKZfKdNhVxS5VsVtgDFtsMbA4Vc5_qcQ4PzswfvlBpVyDPmGKRB8I-MFAHIrnylOFgzHuGWcJMrRKWK3i_vgZDL1chVJLFXm5S1aV8Uw6_OGhjF09t4F2ZQI-OUq-y5Mrf/s320/DSC_0051.JPG" width="320" /></a></div>
<br />
<br />
A inserção dos dados também se simplifica bastante, sendo apenas necessário criar um ficheiro com 3 colunas. Na 1ª temos as áreas de amostragem (no nosso caso iremos usar apenas uma), na 2ª coluna (Sps) temos as espécies que vamos analisar (lince e raposa) e na terceira as horas convertidas para hora solar.<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj_dzR4075XA89mIs4eo3Pz1ER1moYHAutIgSvaK86eD1aauCaFPQSRFQwvPPE_YNJbyIDjEn79WO1rr4okzRvO0n0lOomaUK53IhBUt1STE_3nHCuqp9mVWO8qx5pVUo7jTFurZV637L2o/s1600/1.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj_dzR4075XA89mIs4eo3Pz1ER1moYHAutIgSvaK86eD1aauCaFPQSRFQwvPPE_YNJbyIDjEn79WO1rr4okzRvO0n0lOomaUK53IhBUt1STE_3nHCuqp9mVWO8qx5pVUo7jTFurZV637L2o/s1600/1.jpg" /></a></div>
Posteriormente teremos que converter as horas para uma função circular conforme explicado <a href="http://a%20inser%C3%A7%C3%A3o%20dos%20dados%20tamb%C3%A9m%20se%20simplifica%20bastante%2C%20sendo%20apenas%20necess%C3%A1rio%20criar%20um%20ficheiro%20com%203%20colunas.%20na%201%C2%AA%20temos%20as%20%C3%A1reas%20de%20amostragem%20%28no%20nosso%20caso%20iremos%20usar%20apenas%20uma%29%2C%20na%202%C2%AA%20coluna%20%28sps%29%20temos%20as%20esp%C3%A9cies%20que%20vamos%20analisar%20%28lince%20e%20raposa%29%20e%20na%20terceira%20as%20horas%20convertidas%20para%20hora%20solar./">anteriormente</a>. Isso pode ser feito de forma bastante simples no excel bastando seleccionar a coluna e formatar como texto.<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjPmMB5a7gUhK3SQUoatJ973YOszug5Yjayp58w-a35S_1FQ4qwbw89xtvDfEHRUdGUwfS8tgQBa_iBr7yuLOADYhrkPEmPucIAEWlv8DXIrtYax53YMMdxBd7YzG0z4gHfcEz7qOvM01Lz/s1600/2.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="200" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjPmMB5a7gUhK3SQUoatJ973YOszug5Yjayp58w-a35S_1FQ4qwbw89xtvDfEHRUdGUwfS8tgQBa_iBr7yuLOADYhrkPEmPucIAEWlv8DXIrtYax53YMMdxBd7YzG0z4gHfcEz7qOvM01Lz/s320/2.jpg" width="320" /></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
E tendo isso executado podemos seguir para o R usando o pacote overlap</div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: left;">
<span style="color: blue;">library(overlap)</span></div>
<span style="color: blue;">str(lince)</span><br />
'data.frame':<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>1031 obs. of 3 variables:<br />
$ Zone: int 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...<br />
$ Sps : Factor w/ 2 levels "lince","raposa": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...<br />
$ Time: num 0.894 0.408 0.783 0.34 0.898 ...<br />
<br />
# verificar a amplitude do tempo<br />
<span style="color: blue;">range(lince$Time)</span><br />
[1] 4.166667e-03 4.230388e+04<br />
<br />
#Conversão para radianos:<br />
<span style="color: blue;">timeRad < lince$Time * 2*pi <- 2="" font="" ime="" lince="" pi=""></-></span><br />
<span style="color: blue;"><br /></span>
# Extrair os dados:<br />
<span style="color: blue;">spsA < timeRad[lince$Zone == 1 & lince$Sps == "lince"]</span><br />
<span style="color: blue;">spsB < timeRad[lince$Zone == 1 & lince$Sps == "raposa"]</span><br />
<span style="color: blue;"><br /></span>
#Um gráfico simples com a densidade temporal de registo de lince<br />
<span style="color: blue;">densityPlot(spsA, main="Lince")</span><br />
<span style="color: blue;"><br /></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEh89a7a9xwBH66HHpcOrBJ7XxmyaOiM5_UkQk5IeDAYtn4Q056gNw5puHAyqm2XRQ4ifZcATSnGNWL9e0EypEdV1lDtMlzxoSJnO8Z3_mg4bRg8tPuPbaQlFdg-EDEth6h0vt36qBtkvz4-/s1600/3.jpeg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="360" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEh89a7a9xwBH66HHpcOrBJ7XxmyaOiM5_UkQk5IeDAYtn4Q056gNw5puHAyqm2XRQ4ifZcATSnGNWL9e0EypEdV1lDtMlzxoSJnO8Z3_mg4bRg8tPuPbaQlFdg-EDEth6h0vt36qBtkvz4-/s640/3.jpeg" width="640" /></a></div>
#melhorar a qualidade do gráfico<br />
<span style="color: blue;">densityPlot(spsA, rug=TRUE, main="Lince", extend='gold')</span><br />
<span style="color: blue;"><br /></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjq9KpRmH7G9I2rL5mrjXVAe86UM31FP_ZUFRj9uQbJuYj796GZGYGjt9nSgoXTseC5tlx3BIjIvXxg2R23VDS56-AZw26UVV8KROAVW-KclBXcQGqFv1G20FA0iVvdhk4rSVtfTsfYd_QF/s1600/4.jpeg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="360" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjq9KpRmH7G9I2rL5mrjXVAe86UM31FP_ZUFRj9uQbJuYj796GZGYGjt9nSgoXTseC5tlx3BIjIvXxg2R23VDS56-AZw26UVV8KROAVW-KclBXcQGqFv1G20FA0iVvdhk4rSVtfTsfYd_QF/s640/4.jpeg" width="640" /></a></div>
<span style="color: blue;"><br /></span>
<br />
#Sobrepor com os dados de raposa<br />
<br />
<span style="color: blue;">densityPlot(spsB, rug=TRUE, main="Lince", extend='gold')</span><br />
<span style="color: blue;">densityPlot(spsA, add=TRUE, rug=TRUE, col='red')</span><br />
<span style="color: blue;">legend('topleft', c("Raposa", "Lince"), lty=1, col=c('black', 'red'), bg='white')</span><br />
<span style="color: blue;"><br /></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiKR228EnYBjdKX09sZwgE1FuhGE_vTXdjYEXwb7RyvoeGFP16BtRMZvif8OkjAMnSCsIpRvr-Ykef9msK3ThDfMfEtwGXJujD9CmzBxgsFto7kV3j0h00FI8LSFJC2lDK7PXsT9GFYs8in/s1600/5.jpeg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="360" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiKR228EnYBjdKX09sZwgE1FuhGE_vTXdjYEXwb7RyvoeGFP16BtRMZvif8OkjAMnSCsIpRvr-Ykef9msK3ThDfMfEtwGXJujD9CmzBxgsFto7kV3j0h00FI8LSFJC2lDK7PXsT9GFYs8in/s640/5.jpeg" width="640" /></a></div>
# Adicionar linhas verticais para marcar o nascer e pôr-do-sol<br />
<br />
<span style="color: blue;">abline(v=c(5.5, 18+47/60), lty=3)</span><br />
<span style="color: blue;"><br /></span>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiQPcIPTW9_XJwRDkvhyJosGPKv77zcgCELoKAbPs1nkrnSNB1mBOXlX_8ubhu2kqpBxI1a7Uti5AslcNz3YrG58VUjmALjOD8ucUyHEsIKwxcTTq6lYQ8t80mHobvLU-N3lqbZ7J8Ai8iX/s1600/6.jpeg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="360" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiQPcIPTW9_XJwRDkvhyJosGPKv77zcgCELoKAbPs1nkrnSNB1mBOXlX_8ubhu2kqpBxI1a7Uti5AslcNz3YrG58VUjmALjOD8ucUyHEsIKwxcTTq6lYQ8t80mHobvLU-N3lqbZ7J8Ai8iX/s640/6.jpeg" width="640" /></a></div>
<span style="color: blue;"><br /></span>
# Calcular as estimativas de sobreposição dos vários índices (delta1, delta4 e delta5) entre lince e raposas<br />
<span style="color: blue;">( Dhats < overlapEst(spsA, spsB) )<- font="" overlapest="" spsa="" spsb=""></-></span><br />
Dhat1 Dhat4 Dhat5<br />
<br />
0.6422698 0.6308455 0.6787915<br />
<br />
#Reestimar os resultados através de bootstrap simulation<br />
<span style="color: blue;">bsA < resample(spsA, 999)</span><br />
<span style="color: blue;">bsB < resample(spsB, 999)</span><br />
# Analizar os resultados apenas para delta1:<br />
<span style="color: blue;">bsOut < bootEst(bsA, bsB, adjust=c(0.8, NA, NA)) </span><br />
<span style="color: blue;">colMeans(bsOut)</span><br />
Dhat1 Dhat4 Dhat5<br />
0.6661442 NA NA<br />
# Converter a primeira coluna num vector<br />
<span style="color: blue;">bs < as.vector(bsOut[, 1]) <- 1="" as.vector="" bsout="" font=""></-></span><br />
<br />
# Obter os intervalos de confiança<br />
<span style="color: blue;"> bootCI(Dhats[1], bs)['norm0', ]</span><br />
lower upper<br />
0.5934833 0.6910563<br />
<br />Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-31079725518089034412015-12-21T09:39:00.000-08:002015-12-21T09:39:18.046-08:00Um ano após a reintrodução de lince ibéricoNo dia 16 de dezembro passou um anos desde que os linces Katmandú e Jacarandá foram introduzidos no cercado de solta branda em Mértola. Dos 10 linces soltos, nove continuam vivos e durante 2015 o volume de informação recolhida foi extremamente significativo incluindo detecções fotográficas remotas, localizações de radio-telemetria, observações directas e vídeos.<br />
<br />
A síntese do que se passou durante este ano foi recentemente publicada no <a href="http://expresso.sapo.pt/sociedade/2015-12-19-Lince-iberico-um-ano-nove-sobreviventes-e-uma-baixa">expresso</a>.<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiZJVLbmkHiXHVld8DEP9s691jRD9X9HM297EyeVkrRrDq8o9Xmit6cIXlPr_2mwNauSne_UMeyEjYLmMhGGQrGBS0Kw3HoDNqGXLsOvTAR8a4HZZjQgE7_lAvF1qjnIBm9FE2NTkltegve/s1600/jacarand%25C3%25A1+%25281%2529.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="300" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiZJVLbmkHiXHVld8DEP9s691jRD9X9HM297EyeVkrRrDq8o9Xmit6cIXlPr_2mwNauSne_UMeyEjYLmMhGGQrGBS0Kw3HoDNqGXLsOvTAR8a4HZZjQgE7_lAvF1qjnIBm9FE2NTkltegve/s400/jacarand%25C3%25A1+%25281%2529.JPG" width="400" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhZQ_6x27Rkfdyk_8oT8b0P0la3kE6t5wY7MGq-SbizxUOr81zFmpgwaHtUunpzk4BcZGLOC8gmfluCUmu8WOfndI200ggSxc0r8REvhaKxWE-TfhcGFYzksqwdf8tE7Dl7uqGDfgbFwvEn/s1600/Jacarand%25C3%25A1+%252810%2529.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="300" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhZQ_6x27Rkfdyk_8oT8b0P0la3kE6t5wY7MGq-SbizxUOr81zFmpgwaHtUunpzk4BcZGLOC8gmfluCUmu8WOfndI200ggSxc0r8REvhaKxWE-TfhcGFYzksqwdf8tE7Dl7uqGDfgbFwvEn/s400/Jacarand%25C3%25A1+%252810%2529.JPG" width="400" /></a></div>
<br />
<br />
<br />Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-61411980593767697092015-09-28T01:10:00.003-07:002015-09-28T01:10:58.490-07:00Advances in camera-trap data management tools: Towards collaborative development and integration with GIS<div id="sp0005" style="background-color: white; border: 0px; color: #2e2e2e; font-family: Arial, Helvetica, 'Lucida Sans Unicode', 'Microsoft Sans Serif', 'Segoe UI Symbol', STIXGeneral, 'Cambria Math', 'Arial Unicode MS', sans-serif; font-size: 16px; line-height: 23.6800003051758px; margin-bottom: 9px; padding: 0px; vertical-align: baseline; word-spacing: -0.15ex;">
Artigo publicado recentemente na <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S157495411500117X">Ecological Informatics</a>.<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEimSPcRTHR9nIUOtWgyMA7Jmg2Vj4ca0o_qBVnzyydT2lWKw0u-I7OdSIK00HzmaCMlqN0lGUpZI3-RpJ3mdShxDeVkF1j0ClBkKpmnzEpiJHylESgwTThCSKBgZ2wgeEsHJsix1yXHnhXn/s1600/javali.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="300" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEimSPcRTHR9nIUOtWgyMA7Jmg2Vj4ca0o_qBVnzyydT2lWKw0u-I7OdSIK00HzmaCMlqN0lGUpZI3-RpJ3mdShxDeVkF1j0ClBkKpmnzEpiJHylESgwTThCSKBgZ2wgeEsHJsix1yXHnhXn/s400/javali.JPG" width="400" /></a></div>
<br />
<br />
Os autores desenvolveram um software open source para facilitar a gestão e armazenamento de dados de armadilhagem fotográfica. O programa permite um armazenamento imediato de meta-dados incluindo a designação da câmara, coordenadas geográficas, temperatura, fase lunar etc. Os dados podem ser imediatamente exportados para análise nomeadamente em formato shape.file, PDF ou excel. De acordo com os autores o processo torna-se bastante mais rápido, sendo possível armazenar cerca de 1000 imagens por hora.<br />
<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEimOlfppIoO7I0dk9PCCS8DE92LaGnLIPeApw_lB5VKNF04pZg3dnUtadWoRd2StTj22xLmlJMsMUtA2k4AMDb8n4NrR0q6AgGPSuf0RY0_lGl7P7IzvZ4YGc9pbKRkEV435-m_k9PiYh6I/s1600/fox.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="332" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEimOlfppIoO7I0dk9PCCS8DE92LaGnLIPeApw_lB5VKNF04pZg3dnUtadWoRd2StTj22xLmlJMsMUtA2k4AMDb8n4NrR0q6AgGPSuf0RY0_lGl7P7IzvZ4YGc9pbKRkEV435-m_k9PiYh6I/s640/fox.JPG" width="640" /></a></div>
<br />
<br /></div>
Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-91933419650891851612015-08-09T11:33:00.000-07:002015-08-09T11:33:23.063-07:00Yukon Ranger Pro Digital Night VisionRecentemente tenho tido a oportunidade de usar binóculos de visão nocturna com câmara de vídeo acopulada para monitorizar vida selvagem. O modelo que uso, <a href="http://www.opticsplanet.com/yukon-ranger-pro-digital-night-vision-5x42-monocular-yk28046.html">Yukon Ranger Pro Digital Night Vision,</a> apesar de não ser de fácil utilização tem vindo a possibilitar a obtenção de registos bastante interessantes para estudo de comportamento animal.<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi8lNBXR5hdK6CqPEIfvCwYZ8Oh5B660PUb9RKa_lGSedl0aAgi4v-CkkW61RySQqFrgcnrtAEt6doQ03KgD0JeT9FQbZCZplxfMoW1YM2MnC1m3yJciJyt6JxP6yivnn8iZBoFVnDHTtO8/s1600/youkon.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="206" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi8lNBXR5hdK6CqPEIfvCwYZ8Oh5B660PUb9RKa_lGSedl0aAgi4v-CkkW61RySQqFrgcnrtAEt6doQ03KgD0JeT9FQbZCZplxfMoW1YM2MnC1m3yJciJyt6JxP6yivnn8iZBoFVnDHTtO8/s320/youkon.jpg" width="320" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<iframe allowfullscreen='allowfullscreen' webkitallowfullscreen='webkitallowfullscreen' mozallowfullscreen='mozallowfullscreen' width='320' height='266' src='https://www.blogger.com/video.g?token=AD6v5dzw0gs2DS4CsctjNKIBAgvuD1mo8Xt9wdpo2E2zw6ajB-v-yJLVlmvT9h5ApXgpn7HaRD7d6RJyEZqj4hyRyg' class='b-hbp-video b-uploaded' frameborder='0'></iframe></div>
O aparelho utiliza um conjunto de<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Charge-coupled_device"> CCDs</a> e o software Sum Light que permite uma ampliação de 5x permitindo identificar objectos até uma distância de 600m. A imagem monocromática pode ser transmitida para um aparelho LCD que permite a gravação de vídeos. Ao mesmo possui um intensificador que pode ser usado em situações de Lua Nova ou céu nublado. O principal problema da utilização deste equipamento é conseguir controlar o sistema de focagem especialmente em situações de vegetação densa o que pode dificultar bastante a primeira detecção dos animais. O facto de não ter uma lente zoom também dificulta um pouco o processo, dado que não é possível a visualização de uma área alargada. No entanto, após a primeira observação o processo de seguimento torna-se bastante mais simples.<br />
<br />
<br />
<div itemprop="description">
<div class="product-caption-block" id="product-caption-block-features">
<ul>
</ul>
</div>
</div>
Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-12197801754743857762015-06-01T08:09:00.000-07:002015-06-21T03:16:44.003-07:00Métodos de análise de dados de utilização espacial Neste e em post seguintes irei escrever sobre metodologias de análise de dados de domínios vitais usando informação recolhida por diversos métodos (GSM/GPS, VHF ou armadilhagem fotográfica). O meu trabalho actual está direccionado para esta temática, tendo nos últimos meses recolhido uma quantidade significativa de dados sobre uma determinada espécie. Assim , encontro-me neste momento a explorar metodologias de análise de domínio vital.<br />
<br />
O domínio vital poderá ser definido de uma forma bastante redutora como "a área em que um animal vive e se desloca". Dentro deste espaço podemos encontrar aquilo que é descrito como o território que constitui a área que é defendida activamente. Ao conceito de domínio vital encontra-se associado o conceito de distribuição de utilização que é uma função de densidade probabilística que representa a probabilidade associada de, numa localização aleatória, encontrarmos um animal numa área definida dentro do seu domínio vital. Esta função é bi-dimensional estando a ela associada o espaço e o tempo. A análise de um domínio vital é efectuada utilizando-se localizações que foram recolhidas ao longo de um determinado período. Estas deverão ser independentes do ponto de vista espacial e temporal. Ou seja, a recolha de uma determinada localização não deverá influenciar a seguinte. Se tal acontecer os resultados poderão ser tendenciosos e áreas que o animal usa esporadicamente poderão ser consideradas como fulcrais para a sua actividade.<br />
<br />
O método mais simples de determinação de um domínio vital é o mínimo polígono convexo que une os pontos mais externos formando uma área. Apesar de ter sido utilizado de forma bastante generalizada tem algumas deficiências que provocam uma sobrestimação da área utilizada.<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhCT7wQ4cMvYX_HkE7bfHSoC0N6nNdXWiM8fGF2r5-rbFG1IEVu9POGmhwbgUjC2X9Ngv31Bx91ofcwR_bY1To5ARc9tBCjqeIJzki7YpiqclM-SqwQGFkIT9U-Lm_tLAbImtBYkwFAg3GO/s1600/5.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" height="278" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhCT7wQ4cMvYX_HkE7bfHSoC0N6nNdXWiM8fGF2r5-rbFG1IEVu9POGmhwbgUjC2X9Ngv31Bx91ofcwR_bY1To5ARc9tBCjqeIJzki7YpiqclM-SqwQGFkIT9U-Lm_tLAbImtBYkwFAg3GO/s1600/5.JPG" width="320" /></a></div>
<br />
<br />
<br />Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-30818255825957807722014-12-29T04:03:00.000-08:002014-12-29T04:03:26.856-08:00Aardwolf - software para gerir dados de armadilhagem fotográficaRecentemente desenvolvido e publicado na <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1574954114000764">Ecological Informatics</a> o software <a href="http://sourceforge.net/projects/aardwolf/">Aardwolf</a> permite armazenar grandes quantidades de dados de armadilhagem fotográfica. O software tem a capacidade de extrair automaticamente metadados das imagens e acrescentar dados personalizados em formatos standartizados.<br />
<br />
<br />
<div class="abstract svAbstract " data-etype="ab" style="background-color: white; border: 0px; color: #2e2e2e; font-family: Arial, Helvetica, 'Lucida Sans Unicode', 'Microsoft Sans Serif', 'Segoe UI Symbol', STIXGeneral, 'Cambria Math', 'Arial Unicode MS', sans-serif; font-size: 13px; line-height: 20px; margin: 0px; padding: 0px; vertical-align: baseline;">
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjgWdX0xg8wmDcOUqFgsQFujgy25LKZSPdr82oJMyaEOyY2R5A5z-DKrIdqz99J0aY814z0188N3Db3m0sK3Qcx9w4iHFwU11OcPvjrAQoEpn2otCWA9jMz1lW9tIb9VsMDxgePfZWM8wow/s1600/Screen+Shot+2013-11-27+at+11.07.52+PM.png" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjgWdX0xg8wmDcOUqFgsQFujgy25LKZSPdr82oJMyaEOyY2R5A5z-DKrIdqz99J0aY814z0188N3Db3m0sK3Qcx9w4iHFwU11OcPvjrAQoEpn2otCWA9jMz1lW9tIb9VsMDxgePfZWM8wow/s1600/Screen+Shot+2013-11-27+at+11.07.52+PM.png" height="376" width="640" /></a></div>
<div id="sp0005" style="border: 0px; margin-bottom: 9px; padding: 0px; text-align: justify; vertical-align: baseline; word-spacing: -0.15ex;">
<br /></div>
</div>
Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-41379792576795040892014-12-03T06:50:00.001-08:002014-12-03T06:52:14.681-08:00Determinação da abundância de sacarrabos (Herpestes ichneumon). Parte IIDando sequência ao <a href="http://phototrapping.blogspot.pt/2014/11/determinacao-da-abundancia-de.html">post anterior</a>.<br />
<br />
Os dados poderão ser analisados através do programa <a href="http://www.phidot.org/software/mark/">MARK</a> ou com o pacote <a href="http://cran.r-project.org/web/packages/unmarked/unmarked.pdf">unmarked</a> do software R. Iremos começar por utilizar o pacote unmarked. Neste caso os dados serão colocados num ficheiro txt que poderá ser posteriormente importado para o R. Vamos ter um total de 16 estações e 26 dias de amostragem e para cada dia teremos uma contagem de indivíduos obtida através do registo fotográfico. Se estivermos a trabalhar com o R studio a tabela com os dados irá ter o seguinte aspecto:<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhJVLJP-MD-ep0_DgEqtuAor19imO4UgzLg-HacaWOPsatG7YXpBYkqOt1REK0OrFrZuMEvJGyQujxBZlGdrRo6RcmaTRSj1bnu2d4EBKdn6Q1uxJU19NR3puCOtdZFR_aIZr5xbRbg-6uL/s1600/1.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhJVLJP-MD-ep0_DgEqtuAor19imO4UgzLg-HacaWOPsatG7YXpBYkqOt1REK0OrFrZuMEvJGyQujxBZlGdrRo6RcmaTRSj1bnu2d4EBKdn6Q1uxJU19NR3puCOtdZFR_aIZr5xbRbg-6uL/s1600/1.JPG" height="336" width="640" /></a></div>
<br />
O passo seguinte será criar uma matriz de observações para o <a href="http://cran.r-project.org/web/packages/unmarked/unmarked.pdf">unmarked</a> onde teremos que explicitar o número de ocasiões:<br />
<br />
#Criar uma matriz de observações para o unmarked<br />
<span style="color: blue;">hi.y <- c="" font="" h1="" h2="" h3="" h4="" h5="" h6="" h7="" hi=""><!-----></-></span><br />
<span style="color: blue;"> , "h8", "h9", "h10", "h11", "h12", "h13", "h14"</span><br />
<span style="color: blue;"> , "h15", "h16", "h17",</span><br />
<span style="color: blue;"> "h18", "h19", "h20", "h21", "h22", "h23",</span><br />
<span style="color: blue;"> "h24", "h25", "h26")]</span><br />
<span style="color: blue;">library(unmarked)</span><br />
<span style="color: blue;"><br /></span>
<span style="color: blue;">> hiUMF <- font="" hi.y="" unmarkedframepcount=""># criar uma matriz de contagens<!-----></-></span><br />
<span style="color: blue;">> summary(hiUMF) </span># observar o sumário da matriz<br />
unmarkedFrame Object<br />
<br />
16 sites<br />
Maximum number of observations per site: 26<br />
Mean number of observations per site: 26<br />
Sites with at least one detection: 8<br />
<br />
Tabulation of y observations:<br />
0 1 2 3 4 <na> </na><br />
<br />
381 23 7 2 3 0<br />
<br />
<span style="color: blue;">> # Criar um modelo</span><br />
<span style="color: blue;">> fm1 <- 1="" font="" k="50," mixture="P" nbsp="" pcount="" vvumf=""># Modelo de Poisson - mixture ="P"<!-----></-></span><br />
<span style="color: blue;">> fm1</span><br />
<span style="color: blue;"><br /></span>
Call:<br />
pcount(formula = ~1 ~ 1, data = vvUMF, K = 50, mixture = "P")<br />
<br />
Abundance:<br />
Estimate SE z P(>|z|)<br />
0.195 0.344 0.566 0.572<br />
<br />
Detection:<br />
Estimate SE z P(>|z|)<br />
-1.63 0.361 -4.52 6.09e-06<br />
<br />
AIC: 182.9145<br />
<div>
<br /></div>
<div>
<div>
<span style="color: blue;">> backTransform(fm1, type="det") </span>#valor real de detectabilidade</div>
<div>
Backtransformed linear combination(s) of Detection estimate(s)</div>
<div>
<br /></div>
<div>
Estimate SE LinComb (Intercept)</div>
<div>
0.164 0.0494 -1.63 1</div>
<div>
<span style="color: blue;"><br /></span></div>
<div>
<span style="color: blue;">Transformation: logistic </span></div>
<div>
<span style="color: blue;">> </span></div>
<div>
<span style="color: blue;">> backTransform(fm1, type="state") </span>#valor real de abundância</div>
<div>
Backtransformed linear combination(s) of Abundance estimate(s)</div>
<div>
<br /></div>
<div>
Estimate SE LinComb (Intercept)</div>
<div>
1.21 0.418 0.195 1</div>
<div>
<br /></div>
<div>
Transformation: exp </div>
</div>
<div>
<br /></div>
<div>
<div>
<span style="color: blue;">> confint(backTransform(fm1, type="state"))</span></div>
<div>
0.025 0.975</div>
<div>
0.6188025 2.385489</div>
</div>
<div>
<br /></div>
<div>
Ou seja, o modelo estima uma detectabilidade real (r) de 0.17 (SE= 0.05) e uma abundância por sítio (lambda) de 1.21 (SE=0.42; 0.62-2.39). Como temos 16 sítios amostrados a abundância média será de 19.36 (6.69 - 38.24). Podemos ver que a estimativa é muito pouco precisa e isto será o resultado de um elevado número de zeros que se traduziu numa detectabilidade reduzida. Sendo assim iremos usar um método Bayesiano que nos poderá conduzir a uma estimativa mais precisa.O unmarked usar a função "ranef" que permite estimar as distribuições a posteriori de variáveis aleatórias (abundância latente ou ocorrência) usando métodos Bayesianos empíricos .</div>
<div>
<br /></div>
<div>
#Estimativa empírica Bayesiana dos efeitos aleatórios</div>
<div>
<div>
<span style="color: blue;">> fm1re <- fm1="" font="" ranef=""><!-----></-></span></div>
<div>
<span style="color: blue;">> plot(fm1re, subset=site %in% 1:25, xlim=c(-1,10)) </span>#gráfico com a distribuição a posteriori das estimativas</div>
<div>
de abundância por sítio</div>
<div>
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjeRo2zl9EeWVsUyOfNbzvZY3_PfxME0amZtPF-7EOXnXNNsz2euQmIqmzEUMSM3sNX6tobGJf9iqrY4yhl6r234yEJlt5J4JSmy4dqSiyxF-QxeeaBYd493GBa0iRPzkqBn2ZekqJqqdd3/s1600/Rplot01.jpeg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjeRo2zl9EeWVsUyOfNbzvZY3_PfxME0amZtPF-7EOXnXNNsz2euQmIqmzEUMSM3sNX6tobGJf9iqrY4yhl6r234yEJlt5J4JSmy4dqSiyxF-QxeeaBYd493GBa0iRPzkqBn2ZekqJqqdd3/s1600/Rplot01.jpeg" height="582" width="640" /></a></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<span style="color: blue;">> fm1re </span># estimativas de abundância para cada sítio</div>
<div>
Mean Mode 2.5% 97.5%</div>
<div>
[1,] 0.1700932 0 0 1</div>
<div>
[2,] 1.3154605 1 1 3</div>
<div>
[3,] 0.1700932 0 0 1</div>
<div>
[4,] 3.6379483 3 2 5</div>
<div>
[5,] 0.1700932 0 0 1</div>
<div>
[6,] 2.6732294 2 2 4</div>
<div>
[7,] 0.1700932 0 0 1</div>
<div>
[8,] 2.2484738 2 2 3</div>
<div>
[9,] 1.3154605 1 1 3</div>
<div>
[10,] 0.1700932 0 0 1</div>
<div>
[11,] 1.8254283 2 1 3</div>
<div>
[12,] 0.1700932 0 0 1</div>
<div>
[13,] 1.3154605 1 1 3</div>
<div>
[14,] 2.6021140 2 2 4</div>
<div>
[15,] 0.1700932 0 0 1</div>
<div>
[16,] 1.3154605 1 1 3</div>
<div>
<span style="color: blue;">> sum(bup(fm1re)) </span># estimativa do tamanho populacional</div>
<div>
[1] 19.43969</div>
</div>
<div>
<br /></div>
<div>
O somatório das estimativas a 2.5% e 97.5% indicam-nos a variação do intervalo de confiança. Neste caso então termos uma estimativa de 19.44 (15-38) indivíduos, o que dá uma maior precisão face à estimativa anterior. </div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjTHPgtJr2POyrvYPdQG61_3lCbpkk7GBVUP6zOayLM3hz36SiUciyzhIT1rBA_W8tGfejqkIDhmIn6KYEEEbmPN-6uVhnLlcnmJOPJJh072fSV6lncxBAiK3jUVSZZ0AbFGdQoNgKqBrLK/s1600/sc.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjTHPgtJr2POyrvYPdQG61_3lCbpkk7GBVUP6zOayLM3hz36SiUciyzhIT1rBA_W8tGfejqkIDhmIn6KYEEEbmPN-6uVhnLlcnmJOPJJh072fSV6lncxBAiK3jUVSZZ0AbFGdQoNgKqBrLK/s1600/sc.JPG" height="408" width="640" /></a></div>
<div>
<br /></div>
<div>
Com este exemplo é notório que a aplicação deste método depende muito da abundância da espécie e da sua detectabilidade, sendo facilmente observável que, face ao intervalo de confiança registado, apenas variações acentuadas na abundância poderão ser detectadas. Ao mesmo tempo temos que entender que não estamos a calcular uma densidade mas sim uma abundância latente, dado que não é possível, com métodos objectivos, calcular a área efectivamente amostrada. Assim, a sua aplicação a esta espécie não poderá ser generalizada, dependendo muito dos resultados obtidos. Em locais de abundância reduzida dificilmente poderemos estar a aplicar esta abordagem.</div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
<div>
<br /></div>
Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-26847539193800023962014-11-21T05:53:00.001-08:002014-11-21T05:56:51.995-08:00Determinação da abundância de sacarrabos (Herpestes ichneumon) <div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px; margin: 0px 0px 0px 20pt; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<span style="font-family: inherit;">Recentemente iniciamos um estudo com o objectivo de avaliar o potencial impacto da reintrodução de lince-ibérico (<i>Lynx pardinus</i>) sobre a comunidade de carnívoros e para isso recorremos a um processo de armadilhagem fotográfica num potencial local de reintrodução. O objectivo será avaliar o cenário de abundância e distribuição geográfica de várias espécies antes e durante a reintrodução de lince. A metodologia de análise dos dados para avaliação da abundância será efectuada de acordo com a espécie, particularmente com o facto de se poder recorrer à identificação individual ou ao facto de estarmos a lidar com animais gregários. </span></div>
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px; margin: 0px 0px 0px 20pt; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<span style="font-family: inherit;">O desenho amostral foi o clássico, com as câmaras (Bushnell Trophy Cam) a serem dispostas numa <a href="http://phototrapping.blogspot.pt/2011/03/um-tutorial-para-desenho-de-grelhas-de.html?q=grelha">grelha</a> com um espaço que variou entre os 750 e os 1000 metros. As câmaras foram programadas em modo de fotografia (3 imagens por evento) com um intervalo de 30s. Como estávamos a trabalhar com pilhas recarregáveis, que têm uma duração de 7 a 15 dias, programamos as câmaras apenas para modo de fotografia para evitar perder informação. </span><br />
<span style="font-family: inherit;"><br /></span></div>
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px; margin: 0px 0px 0px 20pt; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj5LYpmOBRZAxpQ3n27mkepXUcnzu4fXrW7ZW52DlJiQTwn4izlOXvI3k9n9lWpjAgl7kibZGSI9grWgU1c2SczeErEEH6gEOrei-XH-Bdatkt8ebunISvtT_cDKl-9hIucQktKL9UhIU6q/s1600/foto.JPG" imageanchor="1" style="clear: left; float: left; margin-bottom: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj5LYpmOBRZAxpQ3n27mkepXUcnzu4fXrW7ZW52DlJiQTwn4izlOXvI3k9n9lWpjAgl7kibZGSI9grWgU1c2SczeErEEH6gEOrei-XH-Bdatkt8ebunISvtT_cDKl-9hIucQktKL9UhIU6q/s1600/foto.JPG" height="388" width="640" /></a><span style="font-family: inherit;"><br /></span></div>
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px; margin: 0px 0px 0px 20pt; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<span style="font-family: inherit;"><br /></span>
<span style="font-family: inherit;"><br /></span>
<span style="font-family: inherit;"><br /></span>
<span style="font-family: inherit;"><br /></span>
<br />
<span style="font-family: inherit;"><br /></span></div>
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px; margin: 0px 0px 0px 20pt; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<span style="font-family: inherit;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiWClE02SB38AR6QEKKUlN9v9gpjdGUAru6KFHNsOo1GlhdKTCDM2eD5_kaq-ju759VH6uyS4VEaJTuZI3EfV2YqbHhlNflF0M5aez-JXl_4iFLn6NQL019-hP3iyKRUBbTX6TXxsCv73o7/s1600/mapa.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: inherit;"></span></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<span style="font-family: inherit;"><br /></span></div>
<div style="color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px; text-align: justify;">
<span style="font-family: inherit;">A 1ª campanha de armadilhagem durou 26 dias e foi usado um total de 16 câmaras o que resultou num esforço de 416 dias-câmara. Os dados foram inseridos na plataforma <a href="http://www.atrium-biodiversity.org/tools/camerabase/">CameraBase</a> que permite exportá-los em vários formatos que incluem MARK, Presence ou RMark.</span></div>
<div>
<span style="font-family: inherit;"><br /></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: justify;">
<span style="font-family: inherit;">Neste post iremos testar a viabilidade de usar o modelo desenvolvido por<span style="color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px;"> <a href="http://www.uvm.edu/rsenr/vtcfwru/spreadsheets/occupancy/Occupancy%20Exercises/Exercise8/Royle.pdf">Royle (2004) </a>para estimar o tamanho populacional através de contagens espacialmente replicadas de sacarrabos. </span></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj5LYpmOBRZAxpQ3n27mkepXUcnzu4fXrW7ZW52DlJiQTwn4izlOXvI3k9n9lWpjAgl7kibZGSI9grWgU1c2SczeErEEH6gEOrei-XH-Bdatkt8ebunISvtT_cDKl-9hIucQktKL9UhIU6q/s1600/foto.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><span style="font-family: inherit;"></span></a></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: justify;">
<span style="color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px;"><span style="font-family: inherit;"><br /></span></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: justify;">
<span style="font-family: inherit;"><span style="color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px;">Este modelo considera a possibilidade de existirem N-misturas e é uma forma de modelo de ocupação que entra com contagens de animais observados (não o número real de animais que existem numa unidade amostrada). Estes modelos serão muito semelhantes aos de </span><span style="font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px;"><a href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-2664.2005.01098.x/full">Royle & Nichols (2004)</a></span><span style="font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px;"> </span><span style="color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px;">onde se podem utilizar modelos de</span><span style="color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px;"> </span><a href="http://pt.wikipedia.org/wiki/Distribui%C3%A7%C3%A3o_de_Poisson">Poisson</a><span style="color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px;"> </span><span style="color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px;">e <a href="http://pt.wikipedia.org/wiki/Distribui%C3%A7%C3%A3o_binomial_negativa">Binomiais Negativos</a>. </span></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: justify;">
<span style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19.6000003814697px;"><span style="font-family: inherit;">Os parâmetros para os modelos de Poisson são iguais aos parâmetros do modelo de Royle & Nichols: </span></span></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: justify;">
</div>
<ul>
<li><span style="font-family: inherit;"><span style="background-color: white; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19px;"><b> </b></span><i style="background-color: white; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19px;"><b>r</b> </i><span style="background-color: white; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19px;">(probabilidade de </span><span style="background-color: white; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19px;">detectar</span><span style="background-color: white; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19px;"> um indivíduo em particular)</span></span></li>
<li><span style="background-color: white; color: #333333; font-size: 14px; line-height: 19px;"><span style="font-family: inherit;"> <b>λ</b> (abundância média/estação de amostragem). </span></span></li>
</ul>
<span style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">Assumindo que existem </span><i style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">N </i><span style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">animais em cada unidade de amostragem, a probabilidade de observarmos 1 ou mais animais será: </span><i style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">p</i><span style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">= 1 – (1-</span><i style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">r</i><span style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">)</span><i style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;"><sup>N</sup>. </i><span style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">A distribuição de </span><i style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">N </i><span style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">ao longo das unidades segue uma distribuição de Poisson cujo parâmetro é a média de λ e a variância é igual à média. A probabilidade de ocupação estimada para cada sítio (ψ) será a probabilidade, estimada através da distribuição de Poisson, de um ou mais animais ocuparem esse sítio. A partir dos parâmetros estimados (</span><i style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">r</i><span style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">e λ), a probabilidade média de captura (</span><i style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">p</i><span style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">) e ψ serão estimados como parâmetros derivados.</span><span style="color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">Uma extensão deste modelo é usada para permitir uma distribuição estatística de </span><i style="color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">N </i><span style="color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">que não necessite que a média seja igual à variância. Neste caso, podemos utilizar a distribuição binomial negativa que se encontra incluída no programa MARK, mas não no PRESENCE. Para além de </span><i style="color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">r </i><span style="color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">e λ, é necessário mais um parâmetro real adicional denominado VarAdd. Este parâmetro é a variância adicional sobre a média estimada (λ) considerando uma distribuição de Poisson. A vantagem de usarmos uma distribuição binomial negativa é que se VarAdd = 0 aproxima-se da distribuição de Poisson, assim se VarAdd for fixada num valor baixo (p.e. 0.0001), o resultado das estimativas será assim muito semelhante ao modelo de Royle/Nichols com uma distribuição de Poisson. </span><span style="background-color: white; color: #333333; font-family: inherit; font-size: 14px; line-height: 19px; text-align: justify;">Embora, num primeiro raciocínio se possa pensar que o valor estimado de λ é a média da densidade de animais para cada sítio, devemos ter atenção quando assumimos isto. Se as populações estão geograficamente e demograficamente fechadas como este modelo assume, então λ poderá ser uma estimativa razoável da densidade. No entanto, se esta condição não se verifica as estimativas não terão qualquer fiabilidade. Estes modelos terão que obedecer a três assunções básicas:</span><br />
<div style="background-color: #fafafa; font-size: 14px; margin: 0px 0px 0px 20pt; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<div class="MsoNormal" style="background-color: white; margin: 0px; outline: none; padding: 0px;">
<ul style="color: #333333; line-height: 19.6000003814697px; list-style-image: initial; list-style-position: initial; margin: 0.5em 0px; outline: none; padding: 0px 0px 0px 2em;">
<li style="margin: 0px; outline: none; padding: 0px;"><span style="font-family: inherit;"><span style="text-indent: -18pt;"><span style="line-height: 19px;">As </span><span style="line-height: 19px;">detecções</span><span style="line-height: 19px;"> dos animais terão que ser independentes, tal como assumido pela fórmula </span></span><i style="line-height: 19px; text-indent: -18pt;">p</i><span style="line-height: 19px; text-indent: -18pt;">= 1 – (1-</span><i style="line-height: 19px; text-indent: -18pt;">r</i><span style="line-height: 19px; text-indent: -18pt;">)</span><i style="line-height: 19px; text-indent: -18pt;"><sup>N</sup>;</i></span></li>
<li style="line-height: 19px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px;"><span style="font-family: inherit;"><span style="text-indent: -18pt;">O número de animais num sítio (</span><i style="text-indent: -18pt;">N</i><span style="text-indent: -18pt;">) deve ser constante durante a amostragem;</span></span></li>
<li style="line-height: 19px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px;"><span style="text-indent: -18pt;"><span style="font-family: inherit;">A detectabilidade de cada animal deverá ser constante ao longo da amostragem.</span></span></li>
</ul>
<div class="separator" style="clear: both; color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; text-align: center;">
<iframe allowfullscreen='allowfullscreen' webkitallowfullscreen='webkitallowfullscreen' mozallowfullscreen='mozallowfullscreen' width='320' height='266' src='https://www.blogger.com/video.g?token=AD6v5dwG6G3NvfhACwo7FIprNchJ7GN8CKPHwdMJ6kc5MJzLGLFQrthJjrz4S7uFQk9RlaJOK4C8N77Q79vnUbIUpQ' class='b-hbp-video b-uploaded' frameborder='0'></iframe></div>
<div style="color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; text-indent: -24px;">
<span style="line-height: 19px;"><br /></span></div>
<div style="color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; text-indent: -24px;">
<span style="line-height: 19px;"><br /></span></div>
<div style="color: #333333; line-height: 19px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px; text-indent: -24px;">
<b><span style="font-family: inherit;">O histotial de capturas</span></b></div>
<div style="color: #333333; line-height: 19px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px; text-indent: -24px;">
<b><span style="font-family: inherit;"><br /></span></b></div>
<div style="line-height: 19px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px; text-indent: -24px;">
<div style="color: #333333; margin: 0px; outline: none; padding: 0px;">
<span style="font-family: inherit;">Neste caso o historial irá assumir uma forma diferente do utilizado até agora que usualmente consistia em 0 (não detecção) e 1 (detecção). Neste caso iremos introduzir o número de animais observados em ocasiões de 1 único dia:</span></div>
<div style="color: #333333; margin: 0px; outline: none; padding: 0px;">
<span style="font-family: inherit;"><br /></span></div>
<div style="margin: 0px 0px 0px 20pt; outline: none; padding: 0px;">
<span style="color: blue; font-family: inherit;">/* Ocasiões=26 sítios=16 */</span></div>
<div style="margin: 0px 0px 0px 20pt; outline: none; padding: 0px;">
<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="border-collapse: collapse; width: 414px;">
<colgroup><col style="mso-width-alt: 15140; mso-width-source: userset; width: 311pt;" width="414"></col>
</colgroup><tbody>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;"><td height="20" style="height: 15.0pt; width: 311pt;" width="414"><br /></td></tr>
</tbody></table>
<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="border-collapse: collapse; width: 414px;">
<colgroup><col style="mso-width-alt: 15140; mso-width-source: userset; width: 311pt;" width="414"></col>
</colgroup><tbody>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt; width: 311pt;" width="414"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000010000000100010000000000000000000100000100000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000040000000400000004030000030200000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000000000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000001000000010000020000020002000200020200
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000000000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000000000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000010000000000010000000000000101000101010001000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000000000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000000000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000001000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000000000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000000000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000101010000010001000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000010000000000000000000000000000000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000100000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
<tr height="20" style="height: 15.0pt;">
<td height="20" style="height: 15.0pt;"><span style="color: blue; font-family: Times, Times New Roman, serif;">0000000000000000000000000000000000000000000000000000
1;</span></td>
</tr>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEghL8RLvBoEWB7AS1-wYBdkO3msAEh7JQuXRgdPJdrXWkVqLhGEKNNsLkyJxcCQy9KvXC9etmzPsOMTXkfZfp-U6HfaK3pWnonGFZ1BCF0z0ydp9HMDlgx_P8LxnBGC86npqtdXBClX5Jkb/s1600/Imagem+026.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEghL8RLvBoEWB7AS1-wYBdkO3msAEh7JQuXRgdPJdrXWkVqLhGEKNNsLkyJxcCQy9KvXC9etmzPsOMTXkfZfp-U6HfaK3pWnonGFZ1BCF0z0ydp9HMDlgx_P8LxnBGC86npqtdXBClX5Jkb/s1600/Imagem+026.jpg" height="300" width="400" /></a></div>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhVQfWBBqZyk0QDzpHclAQDCeEX4xVCTrEc8AwunXDJPn1Io2LNZUPnGZR2IKWGr5NjPKwb36D-gF3esZI9O0MlDDgplTo9Xa1AscG5733r8LXc7ngcpiSNlnVriC1V9uCj7fZ1chGcTT3_/s1600/Imagem+029.jpg" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhVQfWBBqZyk0QDzpHclAQDCeEX4xVCTrEc8AwunXDJPn1Io2LNZUPnGZR2IKWGr5NjPKwb36D-gF3esZI9O0MlDDgplTo9Xa1AscG5733r8LXc7ngcpiSNlnVriC1V9uCj7fZ1chGcTT3_/s1600/Imagem+029.jpg" height="300" width="400" /></a></div>
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Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-76840773099674651192014-11-06T05:55:00.001-08:002014-11-06T05:55:17.789-08:00Veados e gamos no OutonoFotografias de veados e gamos no Parque Natural do Vale do Guadiana, durante um estudo de monitorização de carnívoros.<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhf3RxzgKsUb_0TdojQOiRy-tRIKb_Sl08ERmzR-NO5_d-8Ec21TUOqNhowcBWLgrIppFPhW997LpommQeDKqt4aspy85pyQg4s2ungmZGvtBOloeUpnanpaH8LTwwna-_UYLborOEqCpiw/s1600/PICT0294.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhf3RxzgKsUb_0TdojQOiRy-tRIKb_Sl08ERmzR-NO5_d-8Ec21TUOqNhowcBWLgrIppFPhW997LpommQeDKqt4aspy85pyQg4s2ungmZGvtBOloeUpnanpaH8LTwwna-_UYLborOEqCpiw/s1600/PICT0294.JPG" height="300" width="400" /></a></div>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjaMKhLf8xGOhMPMRV-WjFzeQOhR0cUY3tSl35NITLg-pAtBKKWSzDEglM5Jriwn8_VcvU8tU8UZP6xoBu8ZrojIKd3Sp4qCoStmlXZLiaPRPmxQYqsXYJYyKgDFmHRYaBtimcr2gEQJFKG/s1600/PICT0479.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjaMKhLf8xGOhMPMRV-WjFzeQOhR0cUY3tSl35NITLg-pAtBKKWSzDEglM5Jriwn8_VcvU8tU8UZP6xoBu8ZrojIKd3Sp4qCoStmlXZLiaPRPmxQYqsXYJYyKgDFmHRYaBtimcr2gEQJFKG/s1600/PICT0479.JPG" height="300" width="400" /></a></div>
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<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiLD41pSOOEwBbNRjsKzxH9lxwIWbIlgon3qwk7j83-HGN_J5tbHwehNRs5xsvngJMKYf63Azi2Orc3WHfum1VUiOOlAWwRH3vsPG4M7SHw1GGshxbUpbwjTA52L1J5QbeKwLUjVOKVgmfe/s1600/PICT0544.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiLD41pSOOEwBbNRjsKzxH9lxwIWbIlgon3qwk7j83-HGN_J5tbHwehNRs5xsvngJMKYf63Azi2Orc3WHfum1VUiOOlAWwRH3vsPG4M7SHw1GGshxbUpbwjTA52L1J5QbeKwLUjVOKVgmfe/s1600/PICT0544.JPG" height="300" width="400" /></a></div>
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<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhTyokn8vCOe9S1g0VBBKe-kfUpPQ3gUPESDBfEbS47kMQcynhXxGkn_TB1VHtQvG_4tE4TsXQKG4HNBJQEfNM2l08XZVWYaSrFQ_nLZeqoDmksJtuW2CM1LG62T0R3W_THwf62ihd58t9x/s1600/PICT0548.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhTyokn8vCOe9S1g0VBBKe-kfUpPQ3gUPESDBfEbS47kMQcynhXxGkn_TB1VHtQvG_4tE4TsXQKG4HNBJQEfNM2l08XZVWYaSrFQ_nLZeqoDmksJtuW2CM1LG62T0R3W_THwf62ihd58t9x/s1600/PICT0548.JPG" height="300" width="400" /></a></div>
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<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhv1cTE0D9NWILcKbwFdp3GZZLF8q5iv5xY0MT8dXodcqj_azhat5fLWd7exX3gApM0p2OULbv7b1cV7Y4TwVpOiBAbK9mJi7iEP6HDPGJnEbzz07y0YNv7z-Dp_LFsHKlTTUosdW1vtzbw/s1600/PICT0689.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhv1cTE0D9NWILcKbwFdp3GZZLF8q5iv5xY0MT8dXodcqj_azhat5fLWd7exX3gApM0p2OULbv7b1cV7Y4TwVpOiBAbK9mJi7iEP6HDPGJnEbzz07y0YNv7z-Dp_LFsHKlTTUosdW1vtzbw/s1600/PICT0689.JPG" height="300" width="400" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEifa18M-86hGt-h31DynFCn4pjER1rH_BniiUNIba0YBCTrNklZ1d_6Zbxpgrc31Jdr0V0-XsSSNwWlryLg63C_GZEA0S6qRZmsc3hcn5pOa4qkqrLm01VjrD5gO24EzRGVxFl4GU8ntpjt/s1600/PICT0829.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEifa18M-86hGt-h31DynFCn4pjER1rH_BniiUNIba0YBCTrNklZ1d_6Zbxpgrc31Jdr0V0-XsSSNwWlryLg63C_GZEA0S6qRZmsc3hcn5pOa4qkqrLm01VjrD5gO24EzRGVxFl4GU8ntpjt/s1600/PICT0829.JPG" height="300" width="400" /></a></div>
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<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhZcVD2mUd4k8igZe_izsJfEAxwqYfpPascdnesW0jHxKRG61VUOjPFNVrQIAMgoZHewvg21ghO-IErmT6FURijg3fsW-3mpZ5nATiuFMTlPz7BTnKHPVqKDIue8P4InCa4vUg31eVuV92Z/s1600/PICT0910.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhZcVD2mUd4k8igZe_izsJfEAxwqYfpPascdnesW0jHxKRG61VUOjPFNVrQIAMgoZHewvg21ghO-IErmT6FURijg3fsW-3mpZ5nATiuFMTlPz7BTnKHPVqKDIue8P4InCa4vUg31eVuV92Z/s1600/PICT0910.JPG" height="300" width="400" /></a></div>
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<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjGrA_k_ZfR4dVad7PoSGRuahmRErvAR04pkB20pODYYt_DP1-aw3gptrqDvwbBBY4wxHG6Uk12bUYtNnoXkb_dcdxTaL2mTAXzTmwJ_5k5CSnKbUB2_WDuj0xTtbs69pjt6nm7BSnGsGg1/s1600/PICT1068.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjGrA_k_ZfR4dVad7PoSGRuahmRErvAR04pkB20pODYYt_DP1-aw3gptrqDvwbBBY4wxHG6Uk12bUYtNnoXkb_dcdxTaL2mTAXzTmwJ_5k5CSnKbUB2_WDuj0xTtbs69pjt6nm7BSnGsGg1/s1600/PICT1068.JPG" height="300" width="400" /></a></div>
<br />
<span id="goog_1483635315"></span><span id="goog_1483635316"></span><br />Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-24390690672110752952014-08-21T08:13:00.000-07:002014-08-21T08:14:43.860-07:00Detecting the elusive Scottish wildcat Felis silvestris silvestris using camera trapping<span style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 19.600000381469727px; text-align: justify;">Kerry Kilshaw, Paul J. Johnson, A. C. Kitchener & David Macdonald</span><br />
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 19.600000381469727px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 19.600000381469727px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
Paper published on <a href="http://journals.cambridge.org/action/displayAbstract?fromPage=online&aid=9255344&fulltextType=RA&fileId=S0030605313001154" style="-webkit-transition: color 0.3s; color: #b38f00; display: inline; outline: none; text-decoration: none; transition: color 0.3s;">Oryx</a></div>
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 19.600000381469727px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 19.600000381469727px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
The authors carried out a study of camera-trap surveys in the Cairngorms National Park, UK to determining the feasibility of using this technique combined with pelage identification to monitor Scottish wildcats (<i>Felis silvestris silvestris</i>). Of the 13 individual cats detected, four were identified as wildcats, based on pelage characters and the rest were considered wildcat x domestic hybrids. Using spatially explicit capture-recapture models (Scrs), with the r package SPACECAP, it was estimated a density of 68.17 (SE= 9.47) cats/100 km2 (wild and hybrids). The impact of reducing trapping-grid size, camera-trap numbers and survey length on density estimates it was also investigated using scr models. The findings indicated that camera-trapping is more effective for monitoring wildcats than other methods and that capture success can be increased by using bait, placing camera stations less than 1.5 km apart, increasing the number of camera stations, and surveying for 60-70 days.</div>
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 19.600000381469727px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 19.600000381469727px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<br /></div>
<div style="background-color: #fafafa; color: #333333; font-family: 'Helvetica Neue Light', HelveticaNeue-Light, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 19.600000381469727px; margin: 0px; outline: none; padding: 0px; text-align: justify;">
<span style="background-color: #f1f1f1; color: #626262; font-family: 'Arial Unicode MS', Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px; line-height: 21.600000381469727px; text-align: start;">.<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgL8onVeVf2eSqfFSeMMEyMbX8JDpbh77vjdnofOC4mZIujbutyeCz0XXfhkF98dox2U9WBnHgPg8mj86UGQDpfcSiLTdxF6PWmpuR70QTMIoDUKROng72k30N0i25TF2VsX71FOI_amM0a/s1600/1.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgL8onVeVf2eSqfFSeMMEyMbX8JDpbh77vjdnofOC4mZIujbutyeCz0XXfhkF98dox2U9WBnHgPg8mj86UGQDpfcSiLTdxF6PWmpuR70QTMIoDUKROng72k30N0i25TF2VsX71FOI_amM0a/s1600/1.JPG" height="640" width="256" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiyHP7KCPHIKyAI3MKZyN1dQYNWuSca23rRBxGesMlyT3-HRhRURJVxNNipTWbzrB_E16F2bsixENLUlGY9Qn2ED8zXoU-8mD_sTUEjjwWKicxaoLyeRpFZjtlZ9tq70P1X6TUwwQKVaEed/s1600/2.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiyHP7KCPHIKyAI3MKZyN1dQYNWuSca23rRBxGesMlyT3-HRhRURJVxNNipTWbzrB_E16F2bsixENLUlGY9Qn2ED8zXoU-8mD_sTUEjjwWKicxaoLyeRpFZjtlZ9tq70P1X6TUwwQKVaEed/s1600/2.JPG" height="334" width="640" /></a></div>
</span></div>
Unknownnoreply@blogger.com0Cairngorms, Cairngorms National Park, Ballater, Moray AB35, UK57.083333 -3.666666999999961331.561298500000003 -44.975260999999961 82.6053675 37.641927000000038tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-77437992215354668272014-08-21T08:00:00.000-07:002014-08-21T08:00:46.034-07:00Detecção de gatos-bravos na Escócia usando armadilhagem-fotográfica Kerry Kilshaw, Paul J. Johnson, A. C. Kitchener & David Macdonald<div>
<br /></div>
<div>
Artigo publicado na revista <a href="http://journals.cambridge.org/action/displayAbstract?fromPage=online&aid=9255344&fulltextType=RA&fileId=S0030605313001154">Oryx</a></div>
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Os autores efectuaram um estudo combinado de monitorização de uma população de gato-bravo (<i>Felis silvestris silvestris</i>) no Parque Nacional de Cairngorms (Escócia) usando armadilhagem fotográfica e identificação da pelagem. Dos 13 animais identificados, 4 foram considerados gatos-bravos e os restantes gatos-domésticos ou híbridos. Através da utilização de modelos espacialmente explícitos de captura-recaptura (<a href="http://phototrapping.blogspot.pt/2011/10/tutorial-para-construcao-de-modelos.html?q=secr">SECRs</a>), com o pacote <a href="http://phototrapping.blogspot.pt/2012/03/utilizacao-da-plataforma-spacecap-para.html?q=secr">SPACECAP</a> foi obtida uma densidade de gatos (híbridos e bravos) de 68.17 (SE = 9.47)/100 km2. Os autores também estudaram o impacto de reduzir o tamanho da grelha de amostragem e da duração do estudo nas estimativas de densidade. Os resultados indicaram que a armadilhagem fotográfica é mais efectiva para monitorizar gatos-bravos do que outros métodos e que o sucesso de captura aumento se se utilizar isco, se colocar as câmaras a menos de 1.5 km de distância entre elas, se aumentar o número de estações e conduzir a monitorização em períodos de 60-70 dias.</div>
<div>
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgL8onVeVf2eSqfFSeMMEyMbX8JDpbh77vjdnofOC4mZIujbutyeCz0XXfhkF98dox2U9WBnHgPg8mj86UGQDpfcSiLTdxF6PWmpuR70QTMIoDUKROng72k30N0i25TF2VsX71FOI_amM0a/s1600/1.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgL8onVeVf2eSqfFSeMMEyMbX8JDpbh77vjdnofOC4mZIujbutyeCz0XXfhkF98dox2U9WBnHgPg8mj86UGQDpfcSiLTdxF6PWmpuR70QTMIoDUKROng72k30N0i25TF2VsX71FOI_amM0a/s1600/1.JPG" height="640" width="256" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiyHP7KCPHIKyAI3MKZyN1dQYNWuSca23rRBxGesMlyT3-HRhRURJVxNNipTWbzrB_E16F2bsixENLUlGY9Qn2ED8zXoU-8mD_sTUEjjwWKicxaoLyeRpFZjtlZ9tq70P1X6TUwwQKVaEed/s1600/2.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiyHP7KCPHIKyAI3MKZyN1dQYNWuSca23rRBxGesMlyT3-HRhRURJVxNNipTWbzrB_E16F2bsixENLUlGY9Qn2ED8zXoU-8mD_sTUEjjwWKicxaoLyeRpFZjtlZ9tq70P1X6TUwwQKVaEed/s1600/2.JPG" height="208" width="400" /></a></div>
<div>
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<div>
<br /></div>
Unknownnoreply@blogger.com0Cairngorms, Cairngorms National Park, Ballater, Moray AB35, UK57.083333 -3.666666999999961331.561298500000003 -44.975260999999961 82.6053675 37.641927000000038tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-19752209507938968902014-08-20T04:13:00.000-07:002014-08-20T04:13:04.560-07:00Continuous-time spatially explicit capture–recapture models,with an application to a jaguar camera-trap survey (parte I)<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<span lang="EN-US" style="font-family: "AdvArial-b","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-US; mso-bidi-font-family: AdvArial-b;">David Borchers</span><span lang="EN-US" style="font-family: "AdvArial-b","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-US; mso-bidi-font-family: AdvArial-b;">, Greg Distiller</span><span lang="EN-US" style="font-family: "AdvArial-b","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-US; mso-bidi-font-family: AdvArial-b;">, Rebecca Foster</span><span lang="EN-US" style="font-family: "AdvArial-b","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-US; mso-bidi-font-family: AdvArial-b;">, Bart Harmsen</span><span lang="EN-US" style="font-family: "AdvArial-b","sans-serif"; font-size: 7.5pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-bidi-font-family: AdvArial-b;"> </span><span lang="EN-US" style="font-family: "AdvArial-b","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-US; mso-bidi-font-family: AdvArial-b;">& Lorenzo Milazzo</span></div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<span lang="EN-US" style="font-family: "AdvArial-b","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-US; mso-bidi-font-family: AdvArial-b;"><br /></span></div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<span lang="EN-US" style="font-family: "AdvArial-b","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-US; mso-bidi-font-family: AdvArial-b;">Artigo publicado na revista <a href="http://onlinelibrary.wiley.com/enhanced/doi/10.1111/2041-210X.12196/">Methods in Ecology and Evolution</a></span></div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<br /></div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
Os autores introduzem uma inovação nos métodos espaciais de captura-recaptura (<a href="http://phototrapping.blogspot.pt/2011/09/tutorial-para-construcao-de-modelos.html">SECR</a>) em detectores fixos (armadilhas fotográficas) ao desenvolverem uma abordagem espácio-temporal de um processo de Poisson.</div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<br /></div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
A maior parte dos estudos de captura-recaptura de fauna é feita de uma forma temporalmente contínua. No entanto, as detecções estão tipicamente agregadas em ocasiões de captura, mesmo em situações em que se tem acesso à data e hora de captura. O facto de não se utilizar esta informação introduz subjectividade no processo, particularmente na forma subjectiva com que as ocasiões são definidas.Os modelos <a href="http://phototrapping.blogspot.pt/2011/09/tutorial-para-construcao-de-modelos.html">SECR</a> incorporam informação espacial relativa à localização das capturas, permitindo assim uma inferência sobre a densidade sem a necessidade de se definir a área efectivamente amostrada. A parte mais subjectiva da aplicação destes modelos será mesmo a definição das ocasiões de captura que poderão variar entre 1 ou mais dias (normalmente 5-10), o que é evitado através da utilização de modelos de tempo contínuo (CT). Esta abordagem pode também incorporar <a href="http://phototrapping.blogspot.pt/2010/09/heterogeneidade-individual-desgraca-das.html?q=heterogeneidade">heterogeneidade individual</a>, o que é um factor essencial quando se trabalha com populações animais, particularmente com carnívoros.</div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<br /></div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
O modelo desenvolvido pelos autores, para dados de jaguar obtidos no Belize, em campanhas que operam continuamente e onde se tem acesso à data e hora de captura, baseia-se em estimadores de máxima verosimilhança (MLE) e foram parametrizados em termos de densidade e não de abundância, incorporando uma modelação para os centros de actividade individuais que não são observáveis. O modelo produzido é obtido através de um processo de Poisson espácio-temporal não homogéneo, cujos eventos são detecções num ponto do espaço e tempo. Na construção do modelo foi assumida a independência entre capturas, condicionada ao centro de actividade. No entanto, os autores assumiram que esta condição seria certamente violada dado que os animais só são detectados quando passam na área de detecção de uma câmara e as localizações individuais são temporalmente correlacionadas. A violação desta assumpção foi também investigada.</div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<br /></div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
Os modelos CT SECR foram avaliados sob a assumpção de probabilidade de detecção constante ao longo do tempo e constante intensidade do processo espacial de pontos que sustenta o número de localizações dos centros de actividade. Sendo assim, a verosimilhança do CT será equivalente a um processo de contagens de Poisson de uma única ocasião que abrange toda a duração da amostragens. As simulações foram utilizadas para comparar os estimadores do CT no caso descrito, com ocasiões de diferente duração, onde a detecção de um indivíduo é traduzida num código binário.</div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<br /></div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjVClx_gfQrTtkqrHHkoEc0de9N2Koc2KxJ0fYkcFzrnq2NcVVXHsK42wMxao0zfuLjZ905aYSX7zoJKGkIApUfvCy4YMQMQ1nGZzw1F_UxLtpOYDqTexXbVyRn99IJGqGv612TX_2dECDC/s1600/1a.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjVClx_gfQrTtkqrHHkoEc0de9N2Koc2KxJ0fYkcFzrnq2NcVVXHsK42wMxao0zfuLjZ905aYSX7zoJKGkIApUfvCy4YMQMQ1nGZzw1F_UxLtpOYDqTexXbVyRn99IJGqGv612TX_2dECDC/s1600/1a.JPG" height="480" width="640" /></a></div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<br /></div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
Foi considerada uma única ocasião de captura onde um arranjo de <i>K</i> detectores de proximidade (câmaras - Fig. 1) estiveram continuamente activos. A diferença essencial na verosimilhança desta abordagem e das ocasiões discretas dos modelos SECR é que deixam de existir ocasiões, apenas existe uma amostragem contínua durante um período (0, T). Assim, em vez de um historial de captura de comprimento S (caso existam <i>S</i> ocasiões) para cada indivíduo <i>i</i> em cada detector <i>k</i>, passamos a ter w<i>ik</i> capturas do indivíduo<i> i</i> no detector <i>k</i> nos tempos (t<i>ik</i>1, ......t<i>ik</i>w<i>ik</i>). Ou seja. a expressão <span style="font-family: inherit;"><span lang="EN-US">t </span><span lang="EN-US">= </span><span lang="EN-US">{</span><span lang="EN-US">t</span><span lang="EN-US">ik</span><span lang="EN-US">} </span><span lang="EN-US">(</span><span lang="EN-US">i </span><span lang="EN-US">= </span><span lang="EN-US">1,</span><span lang="EN-US">. . .</span><span lang="EN-US">,</span><span lang="EN-US">n</span><span lang="EN-US">;</span><span lang="EN-US">k </span><span lang="EN-US">= </span><span lang="EN-US">1,</span><span lang="EN-US">. . .</span><span lang="EN-US">,</span><span lang="EN-US">K</span><span lang="EN-US">) compreende o conjunto de todos os tempos de detecção.</span></span></div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<br />
(continua)</div>
<div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt;">
<br /></div>
Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-87920648508038440632014-08-04T03:38:00.000-07:002014-08-04T03:38:07.555-07:00Recommended guiding principles for reporting on camera trapping researchP. D. Meek • G. Ballard • A. Claridge • R. Kays • K. Moseby •T. O’Brien • A. O’Connell • J. Sanderson • D. E. Swann •M. Tobler • S. Townsend<br />
<br />
Artigo recentemente publicado na <a href="http://link.springer.com/article/10.1007/s10531-014-0712-8">Biodiversity and Conservatio</a>n<br />
<br />
Devido ao grande aumento de artigos publicados que usam armadilhagem fotográfica como metodologia de base, os autores propõem que se passem a adoptar uma série de linhas orientadoras que uniformizem a análise de dados e tornem mais fácil as comparações entre estudos. As temáticas abordadas no artigo incluem a forma como se especifica as componentes técnicas do equipamento usado, o seu modo de montagem, a programação e o desenho experimental. Para além disto são feitas sugestões quanto à melhor forma de codificar os dados e de os armazenar, apresentando-se princípios de estandardização da informação. De acordo com os autores, se estes procedimentos foram adoptados poderão conduzir a comparações mais robustas entre estudo, o que facilitará análises mais globais, melhores formas de replicação e consequentemente a melhores resultados. <br />
<br />
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiolJus614T_DK_yzwiLWCZVZlD08dEVwsrdHiXPubq1ZsyM4Ia4sHur1S4S9thbmOQs7blY4mC-XT3e5lXcSWqordk6RqAaI_lT_q9KMx69KKdqLBVi0_rjm-rCPMMqkSAdbwbzW6VLqjl/s1600/1.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiolJus614T_DK_yzwiLWCZVZlD08dEVwsrdHiXPubq1ZsyM4Ia4sHur1S4S9thbmOQs7blY4mC-XT3e5lXcSWqordk6RqAaI_lT_q9KMx69KKdqLBVi0_rjm-rCPMMqkSAdbwbzW6VLqjl/s1600/1.JPG" height="273" width="400" /></a></div>
<br />Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-58126697402146138842014-07-17T02:10:00.000-07:002014-07-17T02:10:31.707-07:00Medium to large size mammals of southern Serra do Amolar, Mato Grosso do Sul, Brazilian PantanalGrasiela Porfirio, Pedro Sarmento, Nilson Lino Xavier Filho, Joana Cruz & Carlos Fonseca<br />
<br />
Artigo acabado de publicar na revista <a href="http://www.checklist.org.br/archive?vol=10&num=2">CheckList, Journal of species data and distribution,</a> que avalia a presença de mamíferos de médio e grande porte na Serra do Amolar (Pantanal Brasileiro). Através da utilização de armadilhagem fotográfica foi possível inventariar 33 espécies, desde de Março de 2009 a Maio de 2013.<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgS4Rn0Zr7y0raub8dfyh82SxvfI0slfwzv3mWbxsIKO8DAO9BHndHKvX7CyoFUEGXQNzg2sTOYf9gsb6CyG5O1-TGmT26hLWtIK57JyCXfNp0-MqYaLG3wTJopMyR9D8_QCyKmJ92gdgTt/s1600/DSC_0501.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgS4Rn0Zr7y0raub8dfyh82SxvfI0slfwzv3mWbxsIKO8DAO9BHndHKvX7CyoFUEGXQNzg2sTOYf9gsb6CyG5O1-TGmT26hLWtIK57JyCXfNp0-MqYaLG3wTJopMyR9D8_QCyKmJ92gdgTt/s1600/DSC_0501.JPG" height="427" width="640" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjft2YlBPC-Bcg-EkHt4Tg_mtGZmcQXOoVZV93PIIpoYaQdOh_Clju9fU0zxAVzUkL9jKBpj0lTuTweUNpJlW1tNLbSowW2tWRniC3tTjDiZ-RSMEdelFOiBfTNX1gTsH-l9XbTD9jpWtMS/s1600/5.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjft2YlBPC-Bcg-EkHt4Tg_mtGZmcQXOoVZV93PIIpoYaQdOh_Clju9fU0zxAVzUkL9jKBpj0lTuTweUNpJlW1tNLbSowW2tWRniC3tTjDiZ-RSMEdelFOiBfTNX1gTsH-l9XbTD9jpWtMS/s1600/5.JPG" height="400" width="275" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiRvVIX4Th85PDDpoebQ9M0kjGpUdJdMTVm356NVEXrYG3mMyZIEopfBhkbDEXVabX1kHCSi5P-upNkv5P7lpilza0gDI4EZ54ZgwZq1VlrDxc4hZ8QeM3-QP9qoKuJNoPvzlE9b5CKGx_e/s1600/6.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEiRvVIX4Th85PDDpoebQ9M0kjGpUdJdMTVm356NVEXrYG3mMyZIEopfBhkbDEXVabX1kHCSi5P-upNkv5P7lpilza0gDI4EZ54ZgwZq1VlrDxc4hZ8QeM3-QP9qoKuJNoPvzlE9b5CKGx_e/s1600/6.JPG" height="640" width="492" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgwLQqsPpTt1vkR-NWSEo6KW2dhe39AxxMCE6E-2IDRdbkXIb5C4HmlmJah4FN7lTMvVlC6AcbG-XDLgVbOG8GDAi6jJLvPRKv785SP_7Dma12OAJSs04mFJmjbAC22Y_lQq479HDfZlHOp/s1600/7.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgwLQqsPpTt1vkR-NWSEo6KW2dhe39AxxMCE6E-2IDRdbkXIb5C4HmlmJah4FN7lTMvVlC6AcbG-XDLgVbOG8GDAi6jJLvPRKv785SP_7Dma12OAJSs04mFJmjbAC22Y_lQq479HDfZlHOp/s1600/7.JPG" height="504" width="640" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi8RVJO0RktHTiLeg-NG2ghdFqokzW099cjdnWoMO_S4Jpd3nWGu72d6XWXQjOopB15PoRgZTBRxknHML54y9vOHAqRF9U6jI0O2ZGUXLIZBGPuTfLfFOquB6axSPpsemgi3CgnGFbWPPV3/s1600/8.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi8RVJO0RktHTiLeg-NG2ghdFqokzW099cjdnWoMO_S4Jpd3nWGu72d6XWXQjOopB15PoRgZTBRxknHML54y9vOHAqRF9U6jI0O2ZGUXLIZBGPuTfLfFOquB6axSPpsemgi3CgnGFbWPPV3/s1600/8.JPG" height="640" width="504" /></a></div>
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />Unknownnoreply@blogger.com0Serra Amolar, Mato Grosso do Sul, Brasil-17.9166667 -57.583333299999993-18.1582722 -57.906056799999995 -17.675061200000002 -57.26060979999999tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-82845241924235923332014-07-14T04:46:00.002-07:002014-07-14T04:46:27.424-07:00A spatially explicit approach for estimating space use and density of common genetsArtigo recentemente publicado no Animal Biodiversity and Conservation<br />
<br />
Pedro Sarmento, Joana Cruz, Catarina Eira & Carlos Fonseca<br />
<br />
Os autores efectuaram uma comparação entre os métodos tradicionais de captura-recaptura e a abordagem espacialmente explícita (<a href="http://phototrapping.blogspot.pt/2011/10/tutorial-para-construcao-de-modelos.html?q=SECR">SECR</a>) para determinar a densidade de gineta (<i>Genetta genetta</i>) na Serra da Malcata. Estes modelos, ao incorporarem o movimento dos animais podem determinar as zonas mais prováveis onde os indivíduos concentram a sua actividade.<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<iframe allowfullscreen='allowfullscreen' webkitallowfullscreen='webkitallowfullscreen' mozallowfullscreen='mozallowfullscreen' width='320' height='266' src='https://www.blogger.com/video.g?token=AD6v5dyPiz3fKFYUN6iPmBx2qoUWcepi3NqEVjUBzx9hVUYeg3BuDdXtMvbcrBVB9uPgKW_BIZfWfMFUKHwu6nKSZA' class='b-hbp-video b-uploaded' frameborder='0'></iframe></div>
<br />
Utilizando os modelos SECR foi possível observar uma heterogeneidade espacial na distribuição da espécie e as estimativas de densidade foram cerca de 2x inferiores às dos modelos tradicionais. As estimativas dos modelos não espaciais ficaram condicionadas pelo tamanho da quadrícula de amostragem e provavelmente subvalorizaram os movimentos e assim resultaram numa sobrestimativa da densidade.<br />
<br />
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</div>
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<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi-25DFqJ8vA4vHV3kfwbGFXgUU2Q-CUFVmnEX9BJTE1I1Dgh_A2B-AQi1Hz7uGPlm1u4ZjFVdxkvdCJFz2y46A53P19ywrzSkPX0BiX_xONDqadMpdESrnCRSyYVKLFLJZvql9MYfz0fAm/s1600/1.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEi-25DFqJ8vA4vHV3kfwbGFXgUU2Q-CUFVmnEX9BJTE1I1Dgh_A2B-AQi1Hz7uGPlm1u4ZjFVdxkvdCJFz2y46A53P19ywrzSkPX0BiX_xONDqadMpdESrnCRSyYVKLFLJZvql9MYfz0fAm/s1600/1.JPG" height="322" width="400" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjd5NBJKGyawNlxekbISDoBCdKwVQowpcXUAxVaeOv9lEOmUCiuGp3ec2tRGMmGy-K80hl-S64M95qOZghHqD3WaEJUauDYFjpwgz84FtEawWljYxb7EgoF5ss86OwJxGEkbh0mduBGnFWD/s1600/2.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjd5NBJKGyawNlxekbISDoBCdKwVQowpcXUAxVaeOv9lEOmUCiuGp3ec2tRGMmGy-K80hl-S64M95qOZghHqD3WaEJUauDYFjpwgz84FtEawWljYxb7EgoF5ss86OwJxGEkbh0mduBGnFWD/s1600/2.JPG" height="332" width="400" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj7jysXcPOWjpAJDoiLlkJq-OdPQu-HxEITLmRXOZcBLW5oTWTdP9oeI1TBMaa6vNTH5WJ9c01Ry8NJB4ddEvHYfRzTik_lvfCHsS211M2gAesQv975NenKmUN_9ViU4iRr6L8r4kcuTB87/s1600/3.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEj7jysXcPOWjpAJDoiLlkJq-OdPQu-HxEITLmRXOZcBLW5oTWTdP9oeI1TBMaa6vNTH5WJ9c01Ry8NJB4ddEvHYfRzTik_lvfCHsS211M2gAesQv975NenKmUN_9ViU4iRr6L8r4kcuTB87/s1600/3.JPG" height="400" width="393" /></a></div>
<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
</div>
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</div>
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<br />
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgwE5jAxn844UvOSISU0KL7EuA3Ac8D-SIAQXoQpWgiPBtYHlN_HvxxEELCL6YIhg4WtnCjXls6aGeK8L1pUbK-EKUW2MryUws4tFBXKkl-FBzCLdwjC7-uM2HljF_8t4wiAu3H0DgT7GoJ/s1600/4.JPG" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgwE5jAxn844UvOSISU0KL7EuA3Ac8D-SIAQXoQpWgiPBtYHlN_HvxxEELCL6YIhg4WtnCjXls6aGeK8L1pUbK-EKUW2MryUws4tFBXKkl-FBzCLdwjC7-uM2HljF_8t4wiAu3H0DgT7GoJ/s1600/4.JPG" height="640" width="422" /></a></div>
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</div>
<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<br /></div>
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<br /></div>
<br />Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-4002738620814822939.post-29029836731914525072014-07-03T07:07:00.002-07:002014-07-03T07:07:36.871-07:00Spatial Capture-Recapture, 1st Edition<span style="background-color: white; border: 0px; color: #333333; font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: inherit; line-height: 15px; margin: 0px; padding: 0px; vertical-align: baseline;"><br /></span>
<span style="background-color: white; border: 0px; color: #333333; font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: inherit; line-height: 15px; margin: 0px; padding: 0px; vertical-align: baseline;">Andrew Royle, Richard Chandler, Rahel Sollmann & Beth Gardner</span><br />
<span style="background-color: white; border: 0px; color: #333333; font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: inherit; line-height: 15px; margin: 0px; padding: 0px; vertical-align: baseline;"><br /></span>
<span style="background-color: white; border: 0px; color: #333333; font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: inherit; line-height: 15px; margin: 0px; padding: 0px; vertical-align: baseline;">Recentemente <a href="http://store.elsevier.com/product.jsp?isbn=9780124059399&utm_source=sciencedirect&utm_medium=sd+button&utm_campaign=sd+books">publicado</a> este livro é fundamental para quem se interessa por modelos espaciais de captura-recaptura a partir de dados de armadilhagem, armadilhagem fotográfica, amostragens de DNA e outros métodos de campo.</span><br />
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<div class="separator" style="clear: both; text-align: center;">
<a href="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgItZiPAPUr5m8enJtQBdqq1WReyAyJU8BSx83fdw-ZfiUu6BwDFNe4rtpKzStvGIaqmJrU6V1Cwn-ffcVNJKdszzCX8Hjzgt-0EMJmu1AXGmJqQ7zY4fbW_CWaq1Aa1Uv1ursNID8x_z6Z/s1600/capa.bmp" imageanchor="1" style="margin-left: 1em; margin-right: 1em;"><img border="0" src="https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEgItZiPAPUr5m8enJtQBdqq1WReyAyJU8BSx83fdw-ZfiUu6BwDFNe4rtpKzStvGIaqmJrU6V1Cwn-ffcVNJKdszzCX8Hjzgt-0EMJmu1AXGmJqQ7zY4fbW_CWaq1Aa1Uv1ursNID8x_z6Z/s1600/capa.bmp" height="320" width="252" /></a></div>
<span style="background-color: white; color: #333333; font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px; line-height: 15px;"><br /></span>Unknownnoreply@blogger.com0